PředmětyPředměty(verze: 805)
Předmět, akademický rok 2016/2017
  
Laboratorní projekt I - N143004
Anglický název: Laboratory Project I
Zajišťuje: Laboratoř informatiky a chemie (143)
Platnost: od 2015
Semestr: zimní
Body: zimní s.:2
E-Kredity: zimní s.:2
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:0/3 KZ [hodiny/týden]
Počet míst: neurčen / neomezen (neurčen)
Minimální obsazenost: neomezen
Jazyk výuky: čeština
Způsob výuky: prezenční
Úroveň:  
Pro druh: bakalářské
Garant: Znamenáček Jiří Ing.
Anotace -
Poslední úprava: Znamenáček Jiří Ing. (01.04.2016)

Předmět slouží k praktickému procvičení základních bioinformatických algoritmů. Používaným programovacím jazykem je Python.
Výstupy studia předmětu -
Poslední úprava: Znamenáček Jiří Ing. (09.10.2015)

Studenti budou umět:

Rozumět principu nejdůležitějších algoritmů používaných v bioinformatice.

Naprogramovat základní bioinformatické algoritmy pomocí jazyka Python.

Používat běžně dostupné nástroje k řešení uvedených bioinformatických problémů.

Literatura -
Poslední úprava: Znamenáček Jiří Ing. (01.04.2016)

Z: Libeskind-Hadas, Ran; Bush, Eliot: "Computing for Biologists: Python Programming and Principles"

Z: Jones, Neil C.; Pevzner, Pavel A.: "An Introduction to Bioinformatics Algorithms"

D: Stevens, Tim J.; Boucher, Wayne: "Python Programming for Biology: Bioinformatics and Beyond"

D: Haddock, Steven H.D.; Dunn, Casey W.: "Practical Computing for Biologists"

D: Bassi, Sebastian: "Python for Bioinformatics"

Studijní opory -
Poslední úprava: Znamenáček Jiří Ing. (01.04.2016)

Webové stránky předmětu.

Požadavky ke kontrole studia
Poslední úprava: Znamenáček Jiří Ing. (09.10.2015)

Podmínkou udělení klasifikovaného zápočtu je úspěšné naprogramování vybraných variant některých bioinformatických algoritmů.

Sylabus -
Poslední úprava: Znamenáček Jiří Ing. (01.04.2016)

Rekurze, memoizace, dynamické programování.

Hledání vzorů.

Zarovnávání sekvencí.

Klastrování.

Fylogenetické stromy.

Studijní prerekvizity -
Poslední úprava: Znamenáček Jiří Ing. (09.10.2015)

Předpokládá se znalost nějakého programovacího jazyka (ideálně Python) a základů bioinformatiky a biochemie.

Zátěž studenta
Činnost Kredity Hodiny
Obhajoba individuálního projektu 0,5 14
Práce na individuálním projektu 1,5 42
Účast na seminářích 4 112
6 / 2 168 / 56
Hodnocení studenta
Forma Váha
Obhajoba individuálního projektu 100

 
VŠCHT Praha