PředmětyPředměty(verze: 803)
Předmět, akademický rok 2016/2017
  
Laboratorní projekt II - N143007
Anglický název: Laboratory Project II
Zajišťuje: Laboratoř informatiky a chemie (143)
Platnost: od 2015
Semestr: letní
Body: letní s.:2
E-Kredity: letní s.:2
Způsob provedení zkoušky: letní s.:
Rozsah, examinace: letní s.:0/3 KZ [hodiny/týden]
Počet míst: neurčen / neurčen (neurčen)
Minimální obsazenost: neomezen
Jazyk výuky: čeština
Způsob výuky: prezenční
Úroveň:  
Pro druh:  
Garant: Znamenáček Jiří Ing.
Anotace -
Poslední úprava: Znamenáček Jiří Ing. (01.04.2016)

Předmět slouží k praktickému procvičení základních bioinformatických algoritmů. Používaným programovacím jazykem je Python.
Výstupy studia předmětu -
Poslední úprava: Znamenáček Jiří Ing. (01.04.2016)

Studenti budou umět:

Rozumět principu nejdůležitějších algoritmů používaných v bioinformatice.

Naprogramovat základní bioinformatické algoritmy pomocí jazyka Python.

Používat běžně dostupné nástroje k řešení uvedených bioinformatických problémů.

Literatura -
Poslední úprava: Znamenáček Jiří Ing. (01.04.2016)

Z: Compeau, Phillip; Pevzner, Pavel: "Bioinformatics Algorithms: An Active Learning Approach"

Z: Jones, Neil C.; Pevzner, Pavel A.: "An Introduction to Bioinformatics Algorithms"

D: Antao, Tiago: "Bioinformatics with Python Cookbook"

D: Stevens, Tim J.; Boucher, Wayne: "Python Programming for Biology: Bioinformatics and Beyond"

D: Haddock, Steven H.D.; Dunn, Casey W.: "Practical Computing for Biologists"

D: Bassi, Sebastian: "Python for Bioinformatics"

Studijní opory -
Poslední úprava: Znamenáček Jiří Ing. (01.04.2016)

Webové stránky předmětu.

Požadavky ke kontrole studia
Poslední úprava: Znamenáček Jiří Ing. (01.04.2016)

Podmínkou udělení klasifikovaného zápočtu je úspěšné naprogramování vybraných variant některých bioinformatických algoritmů.

Sylabus -
Poslední úprava: Znamenáček Jiří Ing. (01.04.2016)

Řešení NP-úplných problémů.

Metoda Monte Carlo.

Markovovy řetězce.

Predikce sbalování bílkovin.

Strojové učení.

Genové regulační sítě.

Studijní prerekvizity -
Poslední úprava: Znamenáček Jiří Ing. (01.04.2016)

Absolvování předmětu "Laboratorní projekt I".

Zátěž studenta
Činnost Kredity Hodiny
Účast v laboratořích (na exkurzi nebo praxi) 6 168
6 / 2 168 / 56
Hodnocení studenta
Forma Váha
Aktivní účast na výuce 30
Obhajoba individuálního projektu 70

 
VŠCHT Praha