PředmětyPředměty(verze: 808)
Předmět, akademický rok 2017/2018
  
Bioinformatické algoritmy - N143041
Anglický název: Algorithms in Bioinformatics
Zajišťuje: Laboratoř informatiky a chemie (143)
Platnost: od 2016
Semestr: zimní
Body: zimní s.:3
E-Kredity: zimní s.:3
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:2/0 Zk [hodiny/týden]
Počet míst: neurčen / neurčen (neurčen)
Minimální obsazenost: neomezen
Jazyk výuky: čeština
Způsob výuky: prezenční
Úroveň:  
Pro druh:  
Garant: Hoksza David RNDr. Ph.D.
Anotace -
Poslední úprava: ROZ143 (29.04.2011)

Přednáška představí studentům oblast bioinformatiky soustřeďující se na výzkum v oblasti základních stavebních a funkčních jednotek organismů - DNA, RNA a proteinů. Studenti se dozví, jaké existují hlavní repositáře souvisejících biologických dat, jak s těmtito daty pracovat. Budou představeny hlavní podobnostní modely spolu s algoritmy postavenými nad DNA/RNA/proteiny přispívající k výzkumu v oblastech jako je hmostnosní spektrometrie, zjišťování funkce proteinů, predikce struktury využívané např. při vývoji léčiv a dalších.
Výstupy studia předmětu -
Poslední úprava: Šmídová Ludmila (10.06.2013)

Studenti budou schopni:

  • orientace v algoritmech pro sekvenční a strukturní bioinformatiku
  • vývoje vlastních bioinforamtických algoritmů
  • vývoje modifikací stávajících state-of-the-art bioinformatických algoritmů
Literatura -
Poslední úprava: Šmídová Ludmila (10.06.2013)

Z: Zvelebil, M., Baum J.: Understanding Bioinformatics, Garland Science; 1 edition, 2007, 0815340249

Z: Durbin, R., et al.: Biological Sequence Analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids, Cambridge University Press, 1998, 0521629713

D: Mount, D.W.: Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis, Second Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2004, 0879696087

D: Gusfield, D.: Algorithms on Strings, Trees and Sequences - Computer Science and Computational Biology, Cambridge University Press, 1997, 0521585198

D: Jones, N.C., Pevzner, P.A.: An Introduction to Bioinformatics Algorithms, The MIT Press, 2004, 0262101068

Studijní opory -
Poslední úprava: Hoksza David RNDr. Ph.D. (05.07.2013)

Žádné.

Požadavky ke kontrole studia
Poslední úprava: ROZ143 (29.04.2011)

Na konci semestru studenti skládají písemnou zkoušku.

Sylabus -
Poslední úprava: Hoksza David RNDr. Ph.D. (19.11.2012)

1. Úvod. Existující nukleotidové a proteinové databáze.

2. Dynamické programování.

3. Sekvenční podobnost DNA a RNA.

4. Sekvenční podobnost proteinů.

5. Vyhledávání motivů v DNA.

6. Vícenásobná sekvenční podobnost.

7. Fylogenetické stromy.

8. Efektivní vyhledávání v databázích DNA, RNA a proteinových sekvencí.

9. Algoritmy pro hmotnostní spektrometrii.

10. Algoritmy pro podobnost proteinových struktur I.

11. Algoritmy pro podobnost proteinových struktur II.

12. Algoritmy pro podobnost RNA struktur.

13. Predikce RNA struktury.

14. Predikce proteinové struktury.

Studijní prerekvizity -
Poslední úprava: TAJ143 (11.12.2012)

žádné

Zátěž studenta
Činnost Kredity Hodiny
Příprava na přednášky, semináře, laboratoře, exkurzi nebo praxi 1,5 42
Příprava na zkoušku a její absolvování 0,5 14
2 / 3 56 / 84
Hodnocení studenta
Forma Váha
Ústní zkouška 100

 
VŠCHT Praha