PředmětyPředměty(verze: 838)
Předmět, akademický rok 2018/2019
  

Z důvodů aktualizace databázového systému bud o víkendu 15.12. - 16.12.  nedostupný studijní informační systém.

E-learning ( https://e-learning.vscht.cz ) bude fungovat, v případě výpadku pište na cis-support@vscht.cz

Děkujeme za pochopení,

Výpočetní centrum VŠCHT Praha

Interakce biomolekul - N143047
Anglický název: Biomolecular Interactions
Zajišťuje: Laboratoř informatiky a chemie (143)
Platnost: od 2013
Semestr: letní
Body: letní s.:3
E-Kredity: letní s.:3
Způsob provedení zkoušky: letní s.:
Rozsah, examinace: letní s.:2/0 Zk [hodiny/týden]
Počet míst: neurčen / neurčen (neurčen)
Minimální obsazenost: neomezen
Jazyk výuky: čeština
Způsob výuky: prezenční
Úroveň:  
Pro druh:  
Garant: Vondrášek Jiří RNDr. CSc.
Pro tento předmět jsou dostupné online materiály
Anotace -
Poslední úprava: ROZ143 (06.08.2013)
Předmět se zaměřuje na vysvětlení základních konceptů určujících interakce mezi biologicky zajímavými molekulami, jako jsou např. proteiny, nukleové kyseliny či malé ligandy. V rámci předmětu budou vysvětleny základní principy působení nekovalentních interakcí v biomolekulách. Budou probrány metody popisu těchto interakcí, jako jsou např. fenomenologické potenciály a jejich aplikace při dokování. Dále studenti získají znalosti o fungování a počítačovém návrhu protein-protein, protein-NA či protein-ligand interakcí.
Výstupy studia předmětu -
Poslední úprava: ROZ143 (06.08.2013)

Studenti budou umět:

  • Chápat fyzikálně chemické principy nekovalentních interakcí.
  • Znát kategorie interakcí biomolekul.
  • Ovládat a rozumět základním statistickým a výpočetním nástrojům pro zpracování interakcí biomolekul.
  • Zvládat základní koncepty tvorby a fungování fenomenologických potenciálů.
  • Predikovat interakce mezi biomolekulami.
Literatura -
Poslední úprava: TAJ143 (02.07.2013)

Z: Jin Xiong, Essential Bioinformatics, Cambridge University Press 2006, ISBN: 978-0-521-60082-8

Z: Peter Schuck (ed.), Protein Interactions, Springer 2007, ISBN: 0-387-35965-6

Studijní opory -
Poslední úprava: ROZ143 (06.08.2013)

žádné

Sylabus -
Poslední úprava: ROZ143 (07.08.2013)

1. Interakce biomolekul - základní koncepty

2. Kvarterní struktura proteinů a její modelování

3. Interakce proteinů a nukleových kyselin

4. Energetická interakční hyperplocha a její konstrukce

5. Dokovací algoritmy I - principy

6. Dokovací algoritmy II - přehled

7. Dokovací protokoly

8. CAPRI

9. Protein Structure Initiative a výpočetní proteomika

10. Návrh protein-protein interakcí

11. Cílené zvýšení afinity biomolekul

12. Racionální návrhy regulace specificity

13. Interactome

14. Konstrucke interakčních sítí

Studijní prerekvizity -
Poslední úprava: ROZ143 (07.08.2013)

Biochemie

Zátěž studenta
Činnost Kredity Hodiny
Účast na přednáškách 1 28
Příprava na přednášky, semináře, laboratoře, exkurzi nebo praxi 1 28
Příprava na zkoušku a její absolvování 1 28
3 / 3 84 / 84
Hodnocení studenta
Forma Váha
Zkouškový test 100

 
VŠCHT Praha