PředmětyPředměty(verze: 838)
Předmět, akademický rok 2018/2019
  

Z důvodů aktualizace databázového systému bud o víkendu 15.12. - 16.12.  nedostupný studijní informační systém.

E-learning ( https://e-learning.vscht.cz ) bude fungovat, v případě výpadku pište na cis-support@vscht.cz

Děkujeme za pochopení,

Výpočetní centrum VŠCHT Praha

Systémová biologie - N143048
Anglický název: Systems Biology
Zajišťuje: Laboratoř informatiky a chemie (143)
Platnost: od 2013
Semestr: zimní
Body: zimní s.:3
E-Kredity: zimní s.:3
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:2/0 Zk [hodiny/týden]
Počet míst: neurčen / neurčen (neurčen)
Minimální obsazenost: neomezen
Jazyk výuky: čeština
Způsob výuky: prezenční
Úroveň:  
Pro druh:  
Garant: Kolář Michal Mgr. Ph.D.
Pro tento předmět jsou dostupné online materiály
Anotace -
Poslední úprava: ROZ143 (11.06.2013)
Cílem přednášky je poskytnout první vhled do systémové biologie. Zaměříme se především na strukturu regulačních sítí, jejich globální vlastnosti a nabohacení regulačních motivů. Na skutečných příkladech prostudujeme často se opakující motivy, vysvětlíme si jejich funkci a důvody, proč jsou evolučně zachovávány.
Výstupy studia předmětu -
Poslední úprava: ROZ143 (07.08.2013)

Studenti budou umět:

  • charakterizovat základní biologické regulační sítě a jejich síťové motivy
  • popsat biologické důvody vedoucí k nabohacení jednotlivých síťových motivů (autoregulace, feed-forward loop, …)
  • matematicky popsat významné regulační motivy a diskutovat jejich robustnost a optimálnost.
Literatura -
Poslední úprava: ROZ143 (11.06.2013)

Z: Alon U, An introduction to systems biology. Design principles of biological circuits, Chapman & Hall/CRC 2007, ISBN: 978-1584886426

Z: Klipp E, Liebermeister W, Wierling C, Kowald A, Lehrach H, Herwig R, Systems Biology: A textbook, Wiley-VCH Verlag 2009, 978-3527318742

Studijní opory -
Poslední úprava: ROZ143 (07.08.2013)

žádné

Sylabus -
Poslední úprava: ROZ143 (07.08.2013)

1. Jak buňky vnímají svět, Regulační sítě.

2. Transkripční sítě a jejich vlastnosti. Síťové motivy.

3. Autoregulace: SOS DNA opravný systém v E. coli.

4. Koherentní feed-forward loop: Ochrana proti náhodným fluktuacím. Arabinózový systém v E. coli.

5. Nekoherentní feed-forward loop: Rychlá odpověď na změnu prostředí. Galaktózový systém v E. coli.

6. Regulační sítě v embryonálním vývoji: Bistabilní přepínač. Sonic Hedgehog a vývoj končetin u obratlovců.

7. Neuronální sítě: Mnohovrstevný perceptron v C. elegans.

8. Další síťové motivy a globální struktura regulačních sítí. Zadání úkolů.

9. Robustnost proteinových obvodů: Chemotaxe E. coli.

10. Robustnost v embryonálním vývoji: článkování octomilky D. melanogaster.

11. Kinetic proofreading: Rozeznání antigenu T buňkou.

12. Optimálnost genových obvodů, vztah k biologické zdatnosti: LacZ protein v E. coli.

13. Optimálnost genových obvodů, pravidlo poptávky.

14. Prezentace úkolů.

Studijní prerekvizity -
Poslední úprava: ROZ143 (07.08.2013)

Biochemie, Molekulární genetika

Zátěž studenta
Činnost Kredity Hodiny
Obhajoba individuálního projektu 0,3 7
Účast na přednáškách 1 28
Příprava na přednášky, semináře, laboratoře, exkurzi nebo praxi 0,4 11
Práce na individuálním projektu 0,3 7
Příprava na zkoušku a její absolvování 1 28
3 / 3 81 / 84
Hodnocení studenta
Forma Váha
Obhajoba individuálního projektu 40
Zkouškový test 60

 
VŠCHT Praha