PředmětyPředměty(verze: 838)
Předmět, akademický rok 2018/2019
  

Z důvodů aktualizace databázového systému bud o víkendu 15.12. - 16.12.  nedostupný studijní informační systém.

E-learning ( https://e-learning.vscht.cz ) bude fungovat, v případě výpadku pište na cis-support@vscht.cz

Děkujeme za pochopení,

Výpočetní centrum VŠCHT Praha

Metody biomolekulárního modelování - N143054
Anglický název: Methods of biomolecular modelling
Zajišťuje: Laboratoř informatiky a chemie (143)
Platnost: od 2015
Semestr: letní
Body: letní s.:4
E-Kredity: letní s.:4
Způsob provedení zkoušky: letní s.:
Rozsah, examinace: letní s.:2/1 Z+Zk [hodiny/týden]
Počet míst: neurčen / neurčen (neurčen)
Minimální obsazenost: neomezen
Jazyk výuky: čeština
Způsob výuky: prezenční
Úroveň:  
Pro druh:  
Poznámka: předmět je možno zapsat mimo plán
povolen pro zápis po webu
Garant: Lankaš Filip doc.Ing. Ph.D.
Anotace -
Poslední úprava: Lankaš Filip doc.Ing. Ph.D. (28.06.2016)
Přednáška je zaměřena na počítačové modelování biologických makromolekul (nukleových kyselin a proteinů) a jejich interakcí. S rostoucí výkonností počítačů a vývojem nových algoritmů roste i význam počítačového modelování, které dnes tvoří nedílnou součást výzkumu v molekulární biologii, genetice a biochemii. V přednášce se nejprve probírá důkladnější úvod do teorie pravděpodobnosti a náhodných (stochastických) procesů, který má širší použití i mimo obor biomolekulárního modelování. Teoretické poznatky jsou pak využity k formulaci důležité simulační metody, brownovské dynamiky. Následují ukázky aplikací z oblasti interakcí proteinů s ligandy a dynamiky biomolekulárních komplexů v buňce. Cvičení zahrnují jak teoretické úlohy, tak i jednoduché výpočty, které si studenti sami naprogramují.
Výstupy studia předmětu -
Poslední úprava: Lankaš Filip doc.Ing. Ph.D. (28.06.2016)

Přínos pro studenty:

  • Na hlubší úrovni si osvojí základy teorie pravděpodobnosti a stochastických procesů
  • Porozumí teoretické formulaci a algoritmické realizaci simulací brownovské dynamiky
  • V aplikacích se seznámí s užitím probíraných metod na konkrétní problémy na rozhraní molekulární biologie, genetiky a bioinformatiky

Literatura -
Poslední úprava: Lankaš Filip doc.Ing. Ph.D. (28.06.2016)

Z: T. Schlick, Molecular Modeling and Simulation, Springer 2002

D: D. Frenkel, B. Smit, Understanding Molecular Simulation, Academic Press 2002

D: J. Šponer, F. Lankaš (eds.), Computational Studies of RNA and DNA, Springer 2006

Studijní opory -
Poslední úprava: Lankaš Filip doc.Ing. Ph.D. (28.06.2016)

Online materiály k přednášce

Požadavky ke kontrole studia
Poslední úprava: Lankaš Filip doc.Ing. Ph.D. (28.06.2016)

Zápočet: aktivní účast na přednáškách a cvičeních

Zkouška: ústní

Sylabus -
Poslední úprava: Lankaš Filip doc.Ing. Ph.D. (28.06.2016)

1. Úvod. Délkové a časové škály v biomolekulárním modelování

2. Pravděpodobnost

3. Náhodné veličiny

4. Charakteristiky náhodných veličin

5. Rozdělení pravděpodobnosti

6. Normální rozdělení

7. Náhodné procesy

8. Langevinova rovnice

9. Brownův pohyb

10. Simulace brownovské dynamiky

11. Aplikace I: Difuzně řízená vazba ligandu na protein

12. Aplikace II: Dynamika nukleosomu a chromatinového vlákna

13. Aplikace III: Pohyb a interakce biomolekul v buňce

Studijní prerekvizity -
Poslední úprava: Lankaš Filip doc.Ing. Ph.D. (28.06.2016)

Základy bioinformatiky, Molekulové modelování

Zátěž studenta
Činnost Kredity Hodiny
Účast na přednáškách 1 28
Příprava na přednášky, semináře, laboratoře, exkurzi nebo praxi 1 28
Příprava na zkoušku a její absolvování 2 56
4 / 4 112 / 112
Hodnocení studenta
Forma Váha
Aktivní účast na výuce 30
Ústní zkouška 70

 
VŠCHT Praha