PředmětyPředměty(verze: 802)
Předmět, akademický rok 2016/2017
  
Strukturní bioinformatika - N320086
Anglický název: Structural Bioinformatics
Zajišťuje: Ústav biochemie a mikrobiologie (320)
Platnost: od 2013
Semestr: zimní
Body: zimní s.:3
E-Kredity: zimní s.:3
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:2/0 Zk [hodiny/týden]
Počet míst: neomezen / neurčen (neurčen)
Minimální obsazenost: neomezen
Jazyk výuky: čeština
Způsob výuky: prezenční
Úroveň:  
Pro druh:  
Garant: Spiwok Vojtěch doc. Ing. Ph.D.
Anotace -
Poslední úprava: Spiwok Vojtěch doc. Ing. Ph.D. (08.11.2012)

Předmět je zaměřen na pochopení a praktické procvičení počítačových metod pro předpověď struktur proteinů, jejich komplexů s nízkomolekulárními ligandy a pro studium jejich dynamiky. Předmět navazuje na základy bioinformatiky a strukturní biologie a prakticky je rozvíjí. Získané dovednosti poslouží studentům v další praxi v biochemickém a farmaceutickém výzkumu a vývoji.
Výstupy studia předmětu -
Poslední úprava: Spiwok Vojtěch doc. Ing. Ph.D. (08.11.2012)

Studenti budou umět:

Předpovídat struktury proteinů s různým stupněm podobnosti k proteinům se známou prostorovou strukturou, předpovídat struktury komplexů protein-ligand a sílu odpovídajících interakcí, simulovat dynamiku proteinů včetně systémů obsahující nestandardní residua a modifikace, využívat metody zlepšující vzorkování.

Literatura -
Poslední úprava: Spiwok Vojtěch doc. Ing. Ph.D. (04.07.2013)

Z:Eswar N., Eramian D., Webb B., Shen M.Y., Sali A.: Protein structure modeling with MODELLER. Methods Mol. Biol. 426, 145-159, 2008 (http://salilab.org/pdf/Eswar_MethodsMolBiol_2008.pdf, 8.11.2012, ISSN: 1064-3745)

Z:Yuriev E., Agostino M., Ramsland P.A.: Challenges and advances in computational docking: 2009 in review. J. Mol. Recognit. 24, 149-164 (2011), ISSN: 1099-1352.

Z:Berk Hess, David van der Spoel, and Erik Lindahl. GROMACS user manual, Version 4.5.4. The GROMACS development teams at the Royal Institute of Technology and Uppsala University, Sweden (http://www.gromacs.org/@api/deki/files/152/=manual-4.5.4.pdf, 8.1.2012, bez ISBN)

Studijní opory -
Poslední úprava: Spiwok Vojtěch doc. Ing. Ph.D. (05.03.2013)

http://web.vscht.cz/spiwokv/struktbio/

Sylabus -
Poslední úprava: Spiwok Vojtěch doc. Ing. Ph.D. (08.11.2012)

1. Struktura proteinů a dalších biomolekul, zápis struktury

2. Práce s programy v prostředí UNIX, secure shell

3. Predikce struktur proteinů - homologní modelování

4. Predikce struktur proteinů - složitější příklady

5. Protein-ligand docking

6. Virtuální screening ligandů

7. Protein-protein docking

8. Simulace molekulové dynamiky proteinů

9. Silová pole - nestandardní záležitosti

10. Simulace molekulové dynamiky nukleových kyselin a sacharidů

11. Urychlování - metadynamika

12. Urychlování - paralelní temperování

13. Simulace sbalování proteinů

14. Ostatní metody používané ve strukturní bioinformatice

Studijní prerekvizity -
Poslední úprava: Spiwok Vojtěch doc. Ing. Ph.D. (08.11.2012)

Základy bioinformatiky

Zátěž studenta
Činnost Kredity Hodiny
Konzultace s vyučujícími 0,3 7
Obhajoba individuálního projektu 0,2 5
Účast na přednáškách 1 28
Příprava na přednášky, semináře, laboratoře, exkurzi nebo praxi 1 28
Práce na individuálním projektu 0,5 14
3 / 3 82 / 84
Hodnocení studenta
Forma Váha
Aktivní účast na výuce 30
Protokoly z individuálních projektů 30
Ústní zkouška 40

 
VŠCHT Praha