PředmětyPředměty(verze: 838)
Předmět, akademický rok 2018/2019
  

Z důvodů aktualizace databázového systému bud o víkendu 15.12. - 16.12.  nedostupný studijní informační systém.

E-learning ( https://e-learning.vscht.cz ) bude fungovat, v případě výpadku pište na cis-support@vscht.cz

Děkujeme za pochopení,

Výpočetní centrum VŠCHT Praha

Strukturní biologie - N320087
Anglický název: Structural Biology
Zajišťuje: Ústav biochemie a mikrobiologie (320)
Platnost: od 2016
Semestr: zimní
Body: zimní s.:3
E-Kredity: zimní s.:3
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:0/3 KZ [hodiny/týden]
Počet míst: neurčen / neomezen (neurčen)
Minimální obsazenost: neomezen
Jazyk výuky: čeština
Způsob výuky: prezenční
Úroveň:  
Pro druh:  
Garant: Hrabal Richard prof. Ing. CSc.
Ulbrich Pavel doc. Ing. Ph.D.
Pro tento předmět jsou dostupné online materiály
Anotace - angličtina
Poslední úprava: Hrabal Richard prof. Ing. CSc. (20.10.2015)
The main goal of the course is to teach students the fundaments of modern instrumental techniques like mass spectrometry, nuclear magnetic resonance spectroscopy, X-ray crystallography, optical and electron microscopy, surface plasmon resonance and their applications in biochemistry. microbiology and other biological sciences. Introductory lectures cover methods of visualisation of biomolecules, computational methods and work with databases.
Výstupy studia předmětu -
Poslední úprava: Hrabal Richard prof. Ing. CSc. (20.10.2015)

Studenti budou umět:

Výpočetní metody: visualizace biomolekul a jejich manipulace, metody molekulové dynamiky a práce s databázemi.

NMR: základy NMR spektroskopie a využití metody pro řešení prostorových struktur proteinů, oligonukleotidů.., mapování jejich vzájemných interakcí a další využití metody pro studium fyzikálně-chemických vlastností biologicky aktivních látek

EM: základní charakteristiky a principy elektronové mikroskopie a mikroskopie skenující sondou, včetně teoretické přípravy vzorků a analýzy získaných dat

RTG: příprava krystalů, fyzikální základy metody, technologie řešení struktur biomolekul

HS: základy hmotnostní spektrometrie, přehled metod a jejich využítí pro studium biomolekul

SPR: základy metody a její využítí pro studium komplexů

Optická microskopie: základy konfokální mikroskopie, mikroskopie s vysokým rozlišením

Literatura -
Poslední úprava: Hrabal Richard prof. Ing. CSc. (21.09.2018)

Z: http://clab.vscht.cz/nmr/vyuka/struktbio

D: Karlík M., Úvod do transmisní elektronové mikroskopie, ČVUT Praha, 2011, 978-80-01-04729-3

D: H. Günther: NMR Spectrosocopy John Wileay and Sons, 2.vydání, 2001

D: Orsburn B.C., Handbook of basic mass spectrometry for biologists and medical technologists: What you really need to know to get started, Bench to Bedside Press, New York, 2010, 0615434983.

D: de Hoffmann E., Stroobant V., Mass spectrometry: Principles and Applications, Chichester, 2007, 978-0-470-03310-4.

D: A. Fiser, A. Sali. Modeller: generation and refinement of homology-based protein structure models. Methods Enzymol 374, 461-491, 2003.

Studijní opory - angličtina
Poslední úprava: Hrabal Richard prof. Ing. CSc. (20.10.2015)

Computing methods: http://web.vscht.cz/spiwokv/modelovani/

EM: http://www.paru.cas.cz/lem/book/index.html

NMR: http://en.wikipedia.org/wiki/Nuclear_magnetic_resonance

Sylabus - angličtina
Poslední úprava: Hrabal Richard prof. Ing. CSc. (20.10.2015)

1. Structural databases, basic operations with biomolecular structures, molecular electrostatics

2. Prediction of protein structures, docking, virtual screening

3. Molecular mechanics, QM/MM, molecular dynamics, protein folding

4. Bases of nuclear magnetic resonance spectroscopy, (NMR), chemical shift, coupling constant, instrumental equipment

5. Technology of structure determination of proteins and their complexes, study of dynamical behavior. Practical examples of using NMR

6. Introduction to X-ray crystallography, crystal preparation

7. Diffraction theory, collection of diffraction data, phase problem, structure determination. Model construction, structure validation

8. Principles and basic techniques of electron microscopy, TEM, SEM and their using in biological sciences

9. Atomic force microscopy AFM, scanning probe microscopy SPM, scanning tunneling microscopy STM

10. Introduction to protein mass spectrometry, ionizations techniques, detectors, fragmentation techniques

11. Applications of MS in biological sciences (molecular mass determination, protein identification, sequential analysis…. Practical examples of using MS)

12. Optical microscopy

13. Superresolution microscopy

14. Surface plasmon resonance

Studijní prerekvizity -
Poslední úprava: Hrabal Richard prof. Ing. CSc. (20.10.2015)

Biochemie, fyzikální chemie, instrumentální analýza.

Zátěž studenta
Činnost Kredity Hodiny
Příprava na přednášky, semináře, laboratoře, exkurzi nebo praxi 1,5 42
Účast na seminářích 1,5 42
3 / 3 84 / 84
Hodnocení studenta
Forma Váha
Aktivní účast na výuce 50
Průběžné a zápočtové testy 50

 
VŠCHT Praha