|
|
|
||
Poslední úprava: Spiwok Vojtěch prof. Ing. Ph.D. (19.06.2013)
|
|
||
Poslední úprava: Spiwok Vojtěch prof. Ing. Ph.D. (19.06.2013)
Studenti budou umět: navrhovat, provádět a zpracovávat výsledky výpočtů, využívajících metody molekulárního modelování (molekulová mechanika, základní kvantově-chemické metody, docking). |
|
||
Poslední úprava: Spiwok Vojtěch prof. Ing. Ph.D. (04.07.2013)
Z: D.C. Young: Computational Chemistry: A Practical Guide for Applying Techniques to Real World Problems. John Wiley & Sons, Inc., 2002, ISBN: 9780471333685 (tištěná), 9780471220657 (online) |
|
||
Poslední úprava: Spiwok Vojtěch prof. Ing. Ph.D. (04.07.2013)
http://web.vscht.cz/spiwokv/molmod/ |
|
||
Poslední úprava: Spiwok Vojtěch prof. Ing. Ph.D. (12.03.2015)
1. 3D geometrie, kartézské souřadnice, Z-matice, konektivita, PDB soubor 2. Inspekce 3D modelu, vazebné délky, úhly, torzní úhly, rendering 3. Vztah struktura-potenciální energie, různé úrovně výpočtu, hyperplocha potenciální energie 4. Molekulová mechanika, kuličkový model, single point výpočet 5. Schrödingerova rovnice, vlnová funkce, aproximativní řešení, metody (též semiempirika), variační metoda, báze 6. Výpočty vlastností (náboje, reakční kinetiky a mechanismy, spektrální a chiroptické vlastnosti) 7. Geometrická optimalizace, problém lokálních minim 8. Molekulární vibrace, normální módy 9. Solvatace, implicitní a explicitní rozpouštědlo, elektrostatika kontinua 10. Molekulová dynamika, PBC, NPT, NVT, termostaty, constraints 11. Snímkování, sběr dat, zpracování a vizualizace dat 12. Simulace na různých škálách (coarse graining, brownovské simulace) 13. Volná energie, metadynamika a ostatní metody, 14. Ukázková studie |
|
||
Poslední úprava: Spiwok Vojtěch prof. Ing. Ph.D. (04.07.2013)
Fysikální chemie |
Zátěž studenta | ||||
Činnost | Kredity | Hodiny | ||
Konzultace s vyučujícími | 0.5 | 14 | ||
Účast na přednáškách | 0.5 | 14 | ||
Příprava na přednášky, semináře, laboratoře, exkurzi nebo praxi | 0.5 | 14 | ||
Práce na individuálním projektu | 0.5 | 14 | ||
Příprava na zkoušku a její absolvování | 1 | 28 | ||
3 / 3 | 84 / 84 |
Hodnocení studenta | |
Forma | Váha |
Aktivní účast na výuce | 30 |
Obhajoba individuálního projektu | 10 |
Zkouškový test | 30 |
Ústní zkouška | 30 |