PředmětyPředměty(verze: 802)
Předmět, akademický rok 2016/2017
  
Počítačová chemie - N403017
Anglický název: Computational Chemistry
Zajišťuje: Ústav fyzikální chemie (403)
Platnost: od 2015
Semestr: zimní
Body: zimní s.:3
E-Kredity: zimní s.:3
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:2/0 Zk [hodiny/týden]
Počet míst: 40 / neurčen (neurčen)
Minimální obsazenost: neomezen
Jazyk výuky: čeština
Způsob výuky: prezenční
Úroveň:  
Pro druh:  
Další informace: http://ufch.vscht.cz/studium/bc/pocitacova_chemie
Garant: Kolafa Jiří prof. RNDr. CSc.
Pro tento předmět jsou dostupné online materiály
Anotace -
Poslední úprava: Kolafa Jiří prof. RNDr. CSc. (24.01.2016)

Předmět je exkurzí do moderní počítačové chemie. Polovina předmětu je věnována nezbytné teorii, druhá polovina jsou ukázky a cvičení. Předmět pokrývá kvantovou chemii (se cvičením v programu Gaussian), molekulové simulace (MACSIMUS), počítačovou biochemii (PyMOL) a databáze vlastností látek.
Výstupy studia předmětu -
Poslední úprava: Kolafa Jiří prof. RNDr. CSc. (21.08.2013)

Studenti budou umět:

Vyznat se v metodách moderní počítačové chemie

Poznat, kdy použít pro řešení problémů kvantovou chemii, kdy molekulovou mechaniku, kdy simulace

Mít přehled o schopnostech dostupného softwaru

Literatura -
Poslední úprava: Kolafa Jiří prof. RNDr. CSc. (29.11.2012)

Z: Atkins P.W., de Paula J., Physical Chemistry, Oxford University Press, 2010, 978-0-19-954337-3

Z: Hayward D.O., Quantum mechanics for chemists, RSC Cambridge, 2002,0-85404-607-0

Studijní opory -
Poslední úprava: Kolafa Jiří prof. RNDr. CSc. (21.11.2012)

http://www.vscht.cz/fch/cz/pomucky/kolafa/N403017.html

Metody výuky -
Poslední úprava: Kolafa Jiří prof. RNDr. CSc. (21.08.2013)

Přednáška, cvičení formou práce na počítačích

Sylabus -
Poslední úprava: Kolafa Jiří prof. RNDr. CSc. (20.11.2012)

1.Úvod do počítačové chemie

2.Od elektronů k molekulám: hyperplocha potenciální energie a její výpočet metodami kvantové chemie

3.Struktura molekul a molekulových komplexů

4.Energetika chemické reakce v plynné fázi a v roztoku (reakční energie, aktivační energie)

5.Výpočet molekulových vlastností (elektrické vlastnosti, spektroskopické charakteristiky)

6.Klasické molekulární modelování, popis molekul pomocí silového pole; struktura a radiální distribuční funkce

7.Pseudoexperimenty metodou Monte Carlo a molekulární dynamiky

8.Laboratoř molekulární dynamiky I: model NaCl, krystal, tavenina, stanovení bodu tání modelu NaCl

9.Laboratoř molekulární dynamiky II: solvatace a struktura vody okolo různých iontů i nepolárních rozpuštěnců

10.Zajímavosti ze světa moderní genomiky a proteomiky

11.Strukturní bioinformatika a strukturní databáze

12.Vizualizace biomakromolekul v programu PyMol

13.Databáze fyzikálně-chemických vlastností látek

14.Seminář: prezentace studentských úloh

Studijní prerekvizity -
Poslední úprava: Kolafa Jiří prof. RNDr. CSc. (24.01.2016)

Fyzikální chemie A/B nebo Fyzikální chemie I. Velmi doporučená je i organická chemie a biochemie.

Zátěž studenta
Činnost Kredity Hodiny
Obhajoba individuálního projektu 0,5 14
Účast na přednáškách 1 28
Práce na individuálním projektu 1 28
Příprava na zkoušku a její absolvování 0,5 14
3 / 3 84 / 84
Hodnocení studenta
Forma Váha
Obhajoba individuálního projektu 50
Zkouškový test 50

 
VŠCHT Praha