Poslední úprava: Uhlík Ondřej prof. Ing. Bc. Ph.D. (25.05.2018)
Cílem předmětu je seznámit studenty s hlavními tématy mikrobiální ekologie. Vedle náhledu do problematiky vzniku života umožní absolvování předmětu studentům pochopit podstatu četných interakcí, které panují mezi jednotlivými mikroorganismy, mezi mikroorganismy a vyššími organismy a mezi mikroorganismy a jejich abiotickým okolím. Předmět zároveň studenty seznámí s tím, jak jsou tyto interakce významné pro stabilitu komunit a fungování ekosystémů a jak zajišťují ekologickou rovnováhu. V neposlední řadě bude nastíněn i vztah fylogenetiky a taxonomické a funkční diverzity. Předmět je koncipován tak, aby studenti jeho absolvováním získali jak klíčové teoretické znalosti oboru tak přehled o současných metodikách používaných v mikrobiálně ekologickém výzkumu.
Poslední úprava: Uhlík Ondřej prof. Ing. Bc. Ph.D. (25.05.2018)
The aim of the classes is to introduce to students the major topics of microbial ecology. Apart from origins of life, students will get familiar with extensive interactions in the microbial world, interactions among microorganisms and higher organisms or interactions among microorganisms and their abiotic surroundings. information will be provided on how these interactions determine stability of microbial communities, ecosystem functioning and equilibrium maintaining. Furthermore, the relation of phylogenetics and taxonomic and functional diversity will be given. The classes are composed in a way that students will obtain key theoretical knowledge as well as overview of state of the art microbiological-ecological techniques.
Výstupy studia předmětu -
Poslední úprava: Kubová Petra Ing. (11.04.2018)
Student po absolvování předmětu bude rozumět mikrobiální podstatě důležitých procesů probíhajících v životním prostředí za účelem udržení rovnováhy. Zároveň si osvojí teoretické i praktické znalosti a dovednosti v oblasti analýzy mikrobiální diversity, biodegradací a bioremediací.
Poslední úprava: Kubová Petra Ing. (11.04.2018)
Student will understand the basics of microbial processes happening in the environment in order to maintain equilibrium. In addition, students will acquire both theoretical and practical knowledge in the field of microbial diversity analyses.
Literatura -
Poslední úprava: Kubová Petra Ing. (11.04.2018)
Michael T. Madigan, Kelly S. Bender, Daniel H. Buckley, W. Matthew Sattley, David A. Stahl: Brock Biology of Microorganisms; Pearson 2017. ISBN-13: 978-0134261928, ISBN-10: 0134261925
Eugene L. Madsen: Environmental Microbiology: From Genomes to Biogeochemistry; John Wiley & Sons 2011. ISBN 1444357980, 9781444357981
Terry Gentry, Raina M. Maier, Ian L. Pepper, Charles P. Gerba: Environmental Microbiology; Academic Press 2008. ISBN 0123705193, 9780123705198.
Wen-Tso Liu, Janet K. Jansson: Environmental Molecular Microbiology; Horizon Scientific Press 2010. ISBN 1904455522, 9781904455523.
Poslední úprava: Kubová Petra Ing. (11.04.2018)
Michael T. Madigan, Kelly S. Bender, Daniel H. Buckley, W. Matthew Sattley, David A. Stahl: Brock Biology of Microorganisms; Pearson 2017. ISBN-13: 978-0134261928, ISBN-10: 0134261925
Eugene L. Madsen: Environmental Microbiology: From Genomes to Biogeochemistry; John Wiley & Sons 2011. ISBN 1444357980, 9781444357981
Terry Gentry, Raina M. Maier, Ian L. Pepper, Charles P. Gerba: Environmental Microbiology; Academic Press 2008. ISBN 0123705193, 9780123705198.
Wen-Tso Liu, Janet K. Jansson: Environmental Molecular Microbiology; Horizon Scientific Press 2010. ISBN 1904455522, 9781904455523.
Poslední úprava: Uhlík Ondřej prof. Ing. Bc. Ph.D. (25.05.2018)
V první části předmětu budou prezentovány a diskutovány teorie původu života, organických molekul, podoby první buňky, bude vysvětlena teorie endosymbiosy a tyto informace budou použity jako základ pro pochopení mikrobiální fylogenetiky a o ní se opírající mikrobiální taxonomii; rovněž bude diskutován koncept druhu a operačních taxonomických jednotek.
V druhém bloku se studenti seznámí s funkční diverzitou přirozených prostředí, budou představeny ekologické niky a mikroprostředí, bude vysvětlen koncept geomikrobiologie a role mikroorganismů v geochemických cyklech. Zároveň bude představena integrovaná genomika a post-genomické přístupy mikrobiální ekologie.
Ve třetím bloku předmětu se studenti seznámí s aplikovanou mikrobiální ekologií a podstatou a využitím bioremediací a v neposlední řadě budou prezentovány a diskutovány nové trendy v mikrobiální ekologii.
Poslední úprava: Kubová Petra Ing. (11.04.2018)
1. Origins of life, origin of organic molecules, first cell, endosymbiotic theories.
2. Microbial phylogenetics and recunstruction of tree of life.
3.-4. Definition of species, microbial taxonomy, operational taxonomic units.
5. Microbial ecology and functional diversity of natural habitats.
6. Ecological niches, microenvironments.
7. Integrated genomics and post-genomics approaches in microbial ecology.
8.-9. Geomicrobiology and microbial contributions to geochemical cycles.
10.-11. Applied microbial ecology and bioremediation.
12. New trends in microbial ecology.
Studijní prerekvizity -
Poslední úprava: Kubová Petra Ing. (11.04.2018)
Biochemie
Mikrobiologie
Poslední úprava: Kubová Petra Ing. (11.04.2018)
Biochemistry
Microbiology
Podmínky zakončení předmětu -
Poslední úprava: Kubová Petra Ing. (11.04.2018)
Prezentace přehledného článku z oblasti mikrobiální ekologie
Ústní zkouška
Poslední úprava: Kubová Petra Ing. (11.04.2018)
Presentation of a review paper form the field of microbial ecology
