Students will be able to:

Describe basic biochemical processes by mathematical methods used in physical chemistry.

Apply the principles of physical chemistry in interpretation and solving problems occuring in biological systems. The problems solution includes numerical analysis of chosen physical chemistry parameters.

Independently propose a method and design a protocol for experimental determination of chosen physical chemistry parameters in biological systems and analyse obtained data.

Studenti budou umět:

Popsat základní biochemické děje pomocí matematického aparátu používaného ve fyzikální chemii.

Aplikovat principy fyzikální chemie při analýze a řešení problémů v biologických systémech včetně numerického řešení hodnot vybraných fyzikálně-chemických parametrů.

Samostatně navrhnout postupy pro experimentální stanovení vybraných fyzikálně-chemických veličin v biologických systémech a analyzovat získané výsledky.

Obligatory:

• Physical chemistry for the life sciences, Atkins, P. W., De Paula, Julio, 2006
• The physical basis of biochemistry, the foundations of molecular biophysics, Bergethon, P. R., Bergethon, Kristin E., 2010

Recommended:

• Lehninger principles of biochemistry, Nelson, David L., Cox, Michael M., Lehninger, Albert L., 2013

Povinná:

• Biofysikální chemie, Kodíček, Milan, Karpenko, Vladimír, 2013

Doporučená:

• Biotermodynamika, Maršík, František, Dvořák, Ivan, 1998

Volitelná:

• The physical basis of biochemistry, the foundations of molecular biophysics, Bergethon, P. R., Bergethon, Kristin E., 2010
• Physical chemistry for the life sciences, Atkins, P. W., De Paula, Julio, 2006

Předmět je zakončen zkouškou, která se skládá z písemné a ústní části. Písemná část testuje schopnost studenta řešit konkrétní příklady (včetně numerického řešení) i jeho teoretické znalosti.

1. Position of biophysical chemistry in the system of natural science

2. Bioenergetics I

3. Bioenergetics II (non-equilibrium thermodynamics)

4. The importance of noncovalent interactions for biological systems

5. The general characteristics of protein structure

6. Methods of kinetics measurement of biological processes

7. Pharmacokinetics

8. Structure and function of biological membranes

9. Biological processes associated with membranes: biochemistry of vision, electron transport chain and photosynthesis

10. Electrochemical processes in biological systems

11. The use of spectrophotometry in biochemical laboratory

12. The use of radiochemistry for the study of biological processes

13. Methods for the study of protein structure I: NMR and X-ray crystallography

14. Methods for the study of protein structure II: circular dichroism and fluorescence spectroscopy

1. Postavení biofyzikální chemie mezi ostatními biologickými vědami

2. Bioenergetika I

3. Bioenergetika II (nerovnovážná termodynamika)

4. Význam nekovalentních interakcí pro biologické systémy

5. Obecné znaky prostorového uspořádání biopolymerů

6. Metody měření kinetiky biologických dějů

7. Farmakokinetika

8. Struktura a základní funkce biologických membrán

9. Biologické funkce vázané na membránu: biochemie vidění, dýchací řetězec a fotosyntéza

10. Elektrochemické děje v biologických systémech

11. Využití spektrofotometrie v biochemických laboratořích

12. Použití radioizotopů při studiu biologických problémů

13. Metody studia prostorového uspořádání biopolymerů I: NMR a rentgenová krystalografie

14. Metody studia prostorového uspořádání biopolymerů II: cirkulární dichroismus a fluorimetrie

https://e-learning.vscht.cz/course/view.php?id=333

https://e-learning.vscht.cz/course/view.php?id=333

Biochemistry

Physical chemistry

základní znalosti biochemie a fyzikální chemie v rozsahu vyučovaném v bakalářském SP na VŠCHT