Students will be able to:

understand the basics of DNA and RNA work

isolate nucleic acids from common biological sources

understand the basics of nucleic acid analysis by restriction cleavage

understand the basics of amplification using PCR

understand the basics of quantification of DNA using real-time PCR and digital PCR

understand the basics of human identification using RFPL, VNTR, STR, SNP

Studenti budou umět:

základy práce s DNA a RNA

izolace nukleových kyselin z běžných biologických zdrojů

základy analýzy nukleových kyselin restrikčním štěpením

základy amplifikace pomocí PCR

základy kvantifikace DNA pomocí real-time PCR a digital PCR

základy technik identifikace osob pomocí RFLP, VNTR, STR, SNP

Active presence on all days of the course.

At least 50% from all the tests.

Individual elaboration of summary protocol.

At least "E" from the protocol.

Aktivní účast na všech dnech kurzu.

Alespoň 50% bodů ze všech testů (vstupního, průběžných i závěrečného).

Odevzdání samostatně vypracovaného souhrnného protokolu.

Klasifikace protokolu alespoň E.

A: Butler J.M., Fundamentals of Forensic DNA Typing, Elsevier Publishing 2009, 978-0123749994

P: Lipov Jan, Knejzlík Zdeněk, Jablonská Eva: Laboratoř analýzy biologických materiálů, VŠCHT Praha 2017, 978-80-7080-992-1

D: Butler J.M., Fundamentals of Forensic DNA Typing, Elsevier Publishing 2009, 978-0123749994

1. Introduction, safety in molecular biology laboratory

2. Basics of work with biological material, namely DNA and RNA

3. Isolation of DNA from buccal swab

4. DNA integrity assessment by electrophoresis, measurement of concentration using spectrophotometry

5. Polymerase chain reaction (PCR)

6. VNTR analysis, lenght of the fragments, determination of number of repetitions

7. mt DNA analysis - advantages and restrictions

8. RFLP analysis - cleavage of DNA by restriction endonucleases

9. Electrophoretic separation and analysis of rectriction fragments

10. Nucleic acid quantification using real-time PCR

11. Fundamentals of optimalization of polymerase reactions and primer selection, factors affecting specifity and yield

12. Human identification based on short tandem repetition (STR) analysis I - multiplex PCR

13. Human identification based on short tandem repetition (STR) analysis II - capillary analysis of DNA amplicons

14. Basics of data evaluation, knowledge and results evaluation

1. Úvod, bezpečnost práce v molekulárně biologické laboratoři

2. Zásady práce s biologickým materiálem, zejména s DNA a RNA

3. Izolace DNA z bukálního stěru

4. Posouzení integrity DNA elektroforetickou separací, spektrofotometrické zhodnocení koncentrace DNA

5. Polymerasová řetězová reakce (PCR)

6. Analýza VNTR, výpočet délky fragmentů a určení počtu repetic

7. Analýza mtDNA – přednosti a omezení

8. RFLP analýza - štěpení DNA restrikčními endonukleasami

9. Elektroforetická separace a analýza restrikčních fragmentů

10. Kvantifikace nukleových kyselin pomocí real-time PCR

11. Zásady optimalizace polymerasových metod a volby primerů. Faktory ovlivňující specifitu a výtěžek

12. Identifikace osob na základě analýzy krátkých tandemových repetic (STR) I – multiplex PCR

13. Identifikace osob na základě analýzy krátkých tandemových repetic (STR) II - fragmentační analýza DNA pomocí kapilární elektroforesy

14. Základy zpracování získaných dat, vyhodnocení znalostí a výsledků práce

none

nejsou

none

nejsou