Studenti budou umět izolovat DNA, připravit PCR produkt pro Sangerovo sekvenování. Teoreticky se seznámí s přípravou sekvenační reakce pro Sangerovo sekvenování a přípravou knihovny pro MPS. Studenti budou umět vyhodnotit výsledky sekvenování.

Studenti budou znát metody histologického zpracování tkání. Budou umět nakrájet parafínové řezy a budou umět provést základní histologické barvení. Budou umět pracovat s laboratorním mikroskopem

Students will be able to isolate DNA and prepare a PCR product for Sanger sequencing. They will be able to explain Sanger sequencing reaction and to prepare a library for massive parallel sequencing. Students will be able to analyze the results of sequencing.

Klasifikovaný zápočet

HISTOLOGICKÁ TECHNIKA - M. Jirkovská, Praha, Galén 2006, 2010

Junquierovy základy histologie - A.L.Mescher, 14.vydání, 1. české, Praha, Galén, 2018

Seznámení se s bezpečností práce v laboratoři.

Úvod – principy metod

Práce u počítače - Stažení referenční sekvence – popis struktury genu, lokalizace primerů, délka PCR produktů

Laboratoř - Izolace DNA

Laboratoř - Měření koncentrace izolované DNA

Laboratoř -PCR

Laboratoř - Agarózová elektroforéza - kontrola kvality PCR produktů

Laboratoř teoreticky -Příprava sekvenační reakce, sekvenace

Práce u počítače - vyhodnocování výsledků sekvenování (Sanger, MPS) včetně jejich klinického významu

Bezpečnost práce v histologické laboratoři

Úvod do histologie a histologické techniky

Základy obecné histologie – mikroskopická stavba tkání

Základy speciální histologie – mikroskopická stavba orgánů.

Způsob odběru, fixace a zpracování materiálu pro histologické vyšetření

Laboratoř – krájení histologických řezů na mikrotomu a kryostatu

Základní a speciální barvící metody

Laboratoř – barvení tkáňových řezů metodou hematoxylin-eosin

Principy histochemie a imunohistochemie

Laboratoř – detekce polysacharidů a lipidů

Laboratoř – imunohistochemické detekce

Základy mikroskopie, přehled mikroskopických metod

Laboratoř – mikroskopie preparátů zhotovených při laboratorních prakticích

Laboratoř – demonstrace konfokálního mikroskopu a pracoviště digitální mikroskopie

Introduction to safety instructions

Introduction – principles of methods

Computer work – sequence retrieval, gene structure, primer localization, PCR product length

Laboratory work – DNA isolation

Laboratory work – DNA concentration measurement

Laboratory work – PCR

Laboratory work – Agarose electrophoresis – quality control of the PCR product

Laboratory theoretical work – Sequencing reaction preparation

Computer work – Sanger and massive parallel sequencing results analysis including its clinical interpretation

General histology – microscopic structure of tissues

Special histology – microscopic structure of organs

Sampling, fixation and analysis of materials for histology laboratory techniques

Laboratory practicum – microtom and cryostat techniques

Basic and special staining methods

Laboratory practicum – staining of tissue slides by hematoxylin and eosin method

Principles of histochemistry and immunohistochemistry

Laboratory practicum – detection of polysaccharides and lipids

Laboratory practicum – immunohistochemical detection

Basic microscopy, overview of microscopic methods

Laboratory practicum – microscopy of slides prepared during the practicum

Laboratory practicum – demonstration of confocal microscope and the digital microscopy laboratory