|
|
|
||
Předmět Moderní instrumentální metody strukturní biologie si klade za cíl seznámit studenty se základy moderních instrumentálně analytických technik a jejich využítí v oborech jako např. biochemie, mikrobiologie, bioinženýrství... Výuka zahrnuje základy hmotnostní spektrometrie, spektroskopie nukleární magnetické resonance, rentgenové krystalografie, optické a elektronové mikroskopie a povrchové plasmonové rezonance. Úvodní blok přednášek je věnován metodám visualizace molekul, výpočetním metodám a práce s databázemi.
Poslední úprava: Kubová Petra (23.02.2018)
|
|
||
Studenti budou umět: Výpočetní metody: visualizace biomolekul a jejich manipulace, základy výpočetních metod a práce s databázemi. NMR: základy NMR spektroskopie a využití metody pro řešení prostorových struktur proteinů, oligonukleotidů.., mapování jejich vzájemných interakcí a další využití metody pro studium fyzikálně-chemických vlastností biologicky aktivních látek EM: základní charakteristiky a principy elektronové mikroskopie a mikroskopie skenující sondou, včetně teoretické přípravy vzorků a analýzy získaných dat RTG: příprava krystalů, fyzikální základy metody, technologie řešení struktur biomolekul HS: základy hmotnostní spektrometrie, přehled metod a jejich využítí pro studium biomolekul SPR: základy metody a její využítí pro studium komplexů Optická microskopie: základy konfokální mikroskopie, mikroskopie s vysokým rozlišením Poslední úprava: Hrabal Richard (24.01.2018)
|
|
||
Poslední úprava: Cibulková Jana (13.09.2023)
|
|
||
Z: https://clab.vscht.cz/nmr/vyuka/struktbio D: Renaud J.-P.: Structural Biology in Drug Discovery, 2020, John Wiley & Sons, Inc. ISBN: 9781118681015 (dostupné přes NTK) D: Spence J.C.H. High-resolution electron microscopy. 2013, 4th. ed. Oxford University Press, ISBN: 0199668639 (dostupné přes NTK) Poslední úprava: Spiwok Vojtěch (10.08.2023)
|
|
||
1. Strukturní databáze a jejich využití, porovnávání jednotlivých struktur mezi sebou, molekulární elektrostatika 2. Predikce struktur proteinů, docking, virtuální screening 3. Molekulová mechanika, QM/MM, simulace molekulové dynamiky, problém vzorkování, sbalování proteinů 4. Základy spektroskopie nukleární magnetické resonance (NMR), chemický posun, interakční konstanta, součásti moderního NMR spektrometru 5. Postup při řešení struktur biomolekul, využití NMR pro studium komplexů, Konkrétní příklady řešení struktur, dynamiky a studia interakcí molekul 6. Základy struktur proteinů, úvod do rentgenové krystalografie, Krystaly makromolekul a jejich příprava 7. Teorie difrakce, sběr difrakčních dat, řešení prostorové struktury biomolekul, fázový problém, výstavba modelu, upřesňování, validace, práce s modely 8. Principy a techniky elektronové mikroskopie (transmisní (TEM) a skenovací elektronová mikroskopie (SEM), praktické ukázky využití v biologických vědách 9. Mikroskopie skenující sondou (mikroskopie atomárních sil (AFM), skenovací tunelovací mikroskopie (STM), praktické ukázky 10. Úvod do hmotnostní spektrometrie peptidů a proteinů, ionizační techniky, hmotnostní analyzátory, fragmentační techniky 11. Aplikace MS v biologických vědách (určení molekulové hmotnosti, identifikace proteinu, sekvenční analýza peptidů, konformační analýza peptidů a proteinů, studium interakcí). Konkrétní příklady využítí technik hmotnostní spektrometrie. 12. Optická mikroskopie 13. Superrezoluční mikroskopie 14. Povrchová plasmonová rezonance Poslední úprava: Kubová Petra (23.02.2018)
|
|
||
Výpočetní metody: http://web.vscht.cz/spiwokv/modelovani/ NMR: http://en.wikipedia.org/wiki/Nuclear_magnetic_resonance Poslední úprava: Spiwok Vojtěch (09.08.2023)
|
|
||
základní znalosti biochemie, fyzikální chemie a instrumentální analýzy v rozsahu vyučovaném v bakalářském SP na VŠCHT Poslední úprava: Lipovová Petra (12.10.2023)
|
Zátěž studenta | ||||
Činnost | Kredity | Hodiny | ||
Konzultace s vyučujícími | 0.2 | 5 | ||
Účast na přednáškách | 1.5 | 42 | ||
Příprava na přednášky, semináře, laboratoře, exkurzi nebo praxi | 0.2 | 5 | ||
Příprava na zkoušku a její absolvování | 1.1 | 30 | ||
3 / 3 | 82 / 84 |
Hodnocení studenta | |
Forma | Váha |
Zkouškový test | 75 |
Ústní zkouška | 25 |