PředmětyPředměty(verze: 953)
Předmět, akademický rok 2019/2020
  
Laboratorní projekt II - N143007
Anglický název: Laboratory Project II
Zajišťuje: Ústav informatiky a chemie (143)
Fakulta: Fakulta chemické technologie
Platnost: od 2019 do 2020
Semestr: letní
Body: letní s.:2
E-Kredity: letní s.:2
Způsob provedení zkoušky: letní s.:
Rozsah, examinace: letní s.:0/3, KZ [HT]
Počet míst: neurčen / neurčen (neurčen)
Minimální obsazenost: neomezen
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: čeština
Způsob výuky: prezenční
Způsob výuky: prezenční
Úroveň:  
Je zajišťováno předmětem: M143011
Garant: Znamenáček Jiří Ing.
Třída: Specializační laboratoř
Termíny zkoušek   Rozvrh   
Anotace -
Předmět slouží k praktickému procvičení základních bioinformatických algoritmů. Používaným programovacím jazykem je Python.
Poslední úprava: Znamenáček Jiří (01.04.2016)
Výstupy studia předmětu -

Studenti budou umět:

Rozumět principu nejdůležitějších algoritmů používaných v bioinformatice.

Naprogramovat základní bioinformatické algoritmy pomocí jazyka Python.

Používat běžně dostupné nástroje k řešení uvedených bioinformatických problémů.

Poslední úprava: Znamenáček Jiří (01.04.2016)
Literatura -

Z: Compeau, Phillip; Pevzner, Pavel: "Bioinformatics Algorithms: An Active Learning Approach"

Z: Jones, Neil C.; Pevzner, Pavel A.: "An Introduction to Bioinformatics Algorithms"

D: Antao, Tiago: "Bioinformatics with Python Cookbook"

D: Stevens, Tim J.; Boucher, Wayne: "Python Programming for Biology: Bioinformatics and Beyond"

D: Haddock, Steven H.D.; Dunn, Casey W.: "Practical Computing for Biologists"

D: Bassi, Sebastian: "Python for Bioinformatics"

Poslední úprava: Znamenáček Jiří (01.04.2016)
Studijní opory -

Webové stránky předmětu.

Poslední úprava: Znamenáček Jiří (01.04.2016)
Požadavky ke zkoušce (Forma způsobu ověření studijních výsledků)

Podmínkou udělení klasifikovaného zápočtu je úspěšné naprogramování vybraných variant některých bioinformatických algoritmů.

Poslední úprava: Znamenáček Jiří (01.04.2016)
Sylabus -

Řešení NP-úplných problémů.

Metoda Monte Carlo.

Markovovy řetězce.

Predikce sbalování bílkovin.

Strojové učení.

Genové regulační sítě.

Poslední úprava: Znamenáček Jiří (01.04.2016)
Studijní prerekvizity -

Absolvování předmětu "Laboratorní projekt I".

Poslední úprava: Znamenáček Jiří (01.04.2016)
Zátěž studenta
Činnost Kredity Hodiny
Účast v laboratořích (na exkurzi nebo praxi) 6 168
6 / 2 168 / 56
Hodnocení studenta
Forma Váha
Aktivní účast na výuce 30
Obhajoba individuálního projektu 70

 
VŠCHT Praha