Shrnující předmět, který postaví získané znalosti a dovednosti do patřičných souvislostí. Na zdokumentovaných dobře provedených experimentech budou přednášející demonstrovat využití jednotlivých metod a přístupů, které byly součástí předešlých předmětů a diskutovat efektivitu jednotlivých řešení.
Poslední úprava: ROZ143 (09.08.2013)
This course summarizes acquired bioinformatics knowledge, and puts bioinformatics skills into a context. Lecturers will demonstrate individual methods and approaches using well documented and well performed experiments. Possible solutions will be compared, and their efficiency will be discussed.
Výstupy studia předmětu -
Poslední úprava: ROZ143 (09.08.2013)
Studenti budou umět:
získají přehled, jakým způsobem a za pomocí jakých algoritmů a programů jsou řešeny běžné vědecké projekty na příkladech reálných projektů na pracovištích jednotlivých přednášejících.
Poslední úprava: TAJ143 (03.12.2013)
Students will be able to:
Gain general knowledge of bioinformatics methods and approaches employed in solving real-life scientific projects.
Literatura -
Poslední úprava: ROZ143 (12.06.2013)
Z: Rodriguez-Ezpeleta N., Hackenberg M., Aransay A. M. (Eds.), Bioinformatics for High Throughput Sequencing, Springer 2012, ISBN 978-1-4614-0781-2
Z: Cristianini N., Hahn W., Introduction to Computational Genomics. A case studies approach, Cambridge University Press 2012, ISBN: 978-0-521-67191-0
D: Brown S. M. (Ed.), Next-Generation DNA Sequencing Informatics, Cold Spring Harbor Laboratory Press 2012, ISBN: 978-1-936113-87-3
D: Hahne F., Huber W., Gentleman R., Falcon S., Bioconductor Case Studies, Springer 2008, ISBN: 978-0-387-77240-0
Poslední úprava: TAJ143 (02.07.2013)
R: Rodriguez-Ezpeleta N., Hackenberg M., Aransay A. M. (Eds.), Bioinformatics for High Throughput Sequencing, Springer 2012, ISBN 978-1-4614-0781-2
R: Cristianini N., Hahn W., Introduction to Computational Genomics. A case studies approach, Cambridge University Press 2012, ISBN: 978-0-521-67191-0
A: Brown S. M. (Ed.), Next-Generation DNA Sequencing Informatics, Cold Spring Harbor Laboratory Press 2012, ISBN: 978-1-936113-87-3
A: Hahne F., Huber W., Gentleman R., Falcon S., Bioconductor Case Studies, Springer 2008, ISBN: 978-0-387-77240-0
Studijní opory -
Poslední úprava: ROZ143 (09.08.2013)
žádné
Poslední úprava: ROZ143 (09.08.2013)
none
Sylabus -
Poslední úprava: ROZ143 (09.08.2013)
1. Úvod
2. Assembly bakteriálního genomu - Achromobacter
3. Eukaryotický genomový projekt I - Mastigamoeba, sestavení z 454, Illumina a PacBio sekvencí
4. Eukaryotický genomový projekt II - repetice a jiné problémové úseky, evaluace sestavení
5. Eukaryotický genomový projekt III - predikce genů, anotace