Poslední úprava: Svozil Daniel prof. Mgr. Ph.D. (07.06.2018)
Předmět pokrývá pokročilá témata chemoinformatiky a počítačového návrhu léčiv, jako jsou např. optimalizace kandidátních struktur, zahrnutí biologické informace do modelů či generování a explorace chemického prostoru.
Poslední úprava: Svozil Daniel prof. Mgr. Ph.D. (07.06.2018)
The class covers advanced chemoinformatics and computational drug design techniques, such as lead optimization, biological information in models or the generation and exploration of chemical space.
Výstupy studia předmětu -
Poslední úprava: Svozil Daniel prof. Mgr. Ph.D. (07.06.2018)
Studenti budou umět:
Osvojí si pokročilé metody chemoinformatiky a počítačového návrhu léčiv
Posoudit kvalitu QSAR klasifikačních a regresních modelů
Optimalizovat kandidátní struktury pomocí počítačových technik
Chápat, jakým způsobem je explorován chemický prostor a jak se posuzuje jeho chemotypová diverzita
Poslední úprava: Svozil Daniel prof. Mgr. Ph.D. (07.06.2018)
Students will:
understand advanced chemoinformatics and computationa drug design techniques
be able to assess the quality of QSAR classification and regression models
optimize lead structures using in silico techniques
understand the process of chemical space exploration and the assessment of its chemotype diversity
Literatura -
Poslední úprava: Svozil Daniel prof. Mgr. Ph.D. (07.06.2018)
Literatura
Z: Engel T. Gasteiget J. Applied Chemoinformatics: Achievements and Future Opportunities, Wiley-VCH, 2018, ISBN 352734201X
Z: Bajorath J. Chemoinformatics for Drug Discovery, Wiley, 2013, ISBN 1118139100
Poslední úprava: Svozil Daniel prof. Mgr. Ph.D. (07.06.2018)
Literature
R: Engel T. Gasteiget J. Applied Chemoinformatics: Achievements and Future Opportunities, Wiley-VCH, 2018, ISBN 352734201X
R: Bajorath J. Chemoinformatics for Drug Discovery, Wiley, 2013, ISBN 1118139100
Studijní opory -
Poslední úprava: Svozil Daniel prof. Mgr. Ph.D. (07.06.2018)
Online materiály k přednášce
Poslední úprava: Svozil Daniel prof. Mgr. Ph.D. (07.06.2018)
Online course materials
Sylabus -
Poslední úprava: Svozil Daniel prof. Mgr. Ph.D. (07.06.2018)
Chemoinformatické metody pro optimalizaci kandidátních struktur – MMPA (matched molecular pairs) analýza, bioisostery, scaffold hopping, multiobjektivní optimalizační metody
Biologická informace v chemoinformatice – chemogenomický prostor, experimentální a výpočetní přístupy jeho charakterizace, afinitní fingerprinty a jejich aplikace, proteochemometrie, deskriptory popisující interakci ligand/protein, modelování interakčního prostoru
Teorie informace a „fingerprint engineering“ - analýza deskriptorů a metody redukce dat
QSAR modelování – záludnosti porovnávání a hodnocení QSAR modelů, doména aplikovatelnosti QSAR modelu, základní přístupy, jejich výhody a nevýhody, metody pro definici domény aplikovatelnosti klasifikačních a regresních modelů, metody hlubokého učení a jejich aplikace
Generování a explorace chemického prostoru, chemotypová diverzita a její hodnocení, farmakoforové modelování (topologické farmakofory a farmakoforové otisky prstů), molekulové dokování (generování konformerů, flexibilita proteinu, konsensuální skórování)
Poslední úprava: Svozil Daniel prof. Mgr. Ph.D. (07.06.2018)
Chamoinformatics methods for lead optimization - MMPA (matched molecular pairs analysis), bioisosters, scaffold hopping, multi-objective optimizationoptimalizační metody
Biological information in chemeoinformatics – chemogenomics space, experimental and computational approaches of chemogenomics space exploration, affinity fingerprints and their applications, proteochemometrics, ligand/protein interaction descriptors, protein/ligand interaction space modeling
Information theory and fingerprint engineering
QSAR modeling – QSAR model quality assessment, applicability domain in classification and regression models, deep learning methos in QSAR and their other applications
Generating and exploration of chemical space, chemotype diversity and its assessment, pharmacophore modeling (topological pharmacophores and pharmacophore fingerprints), molecular docking (conformer generation, protein flexibility, consensus scoring)
Podmínky zakončení předmětu -
Poslední úprava: Svozil Daniel prof. Mgr. Ph.D. (07.06.2018)
Ústní zkouška
Poslední úprava: Svozil Daniel prof. Mgr. Ph.D. (07.06.2018)