Předmět probíhá formou samostudia s průběžnými úkoly a konzultacemi (cca 1× měsíčně).

Student postupně zpracovává krátké písemné výstupy podle jednotlivých bloků (anotace, schémata, přehledy, výpočty).

Na závěr odevzdá souhrnný text (mini-review) o zvoleném kontaminantu, který propojuje výsledky dílčích úkolů a hodnotí environmentální relevanci, osud, toxicitu a možné metody sanace.

The course is conducted as self-study with regular consultations (approximately once per month).

Students complete a series of short written assignments according to the thematic blocks (annotations, diagrams, summaries, calculations).

The final deliverable is a concise mini-review of the selected contaminant, integrating results from previous tasks and evaluating its environmental relevance, fate, toxicity, and possible remediation methods.

Povinná:

• EPA ECOTOX Knowledgebase [online]. Dostupné z: https://cfpub.epa.gov/ecotox/
• ECHA REACH Dossiers [online]. Dostupné z: https://echa.europa.eu/information-on-chemicals
• OECD QSAR Toolbox: [online]. Dostupné z: https://qsartoolbox.org/
• EPA ToxCast and CompTox Chemicals Dashboard [online]. Dostupné z: https://comptox.epa.gov/dashboard
• OECD AOP Knowledgebase [online]. Dostupné z: https://aopkb.oecd.org/
• PubChem Database [online]. Dostupné z: https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/

Obligatory:

• EPA ECOTOX Knowledgebase [online]. Dostupné z: https://cfpub.epa.gov/ecotox/
• ECHA REACH Dossiers [online]. Dostupné z: https://echa.europa.eu/information-on-chemicals
• OECD QSAR Toolbox [online]. Dostupné z: https://qsartoolbox.org/
• EPA ToxCast and CompTox Chemicals Dashboard [online]. Dostupné z: https://comptox.epa.gov/dashboard
• OECD AOP Knowledgebase [online]. Dostupné z: https://aopkb.oecd.org/
• PubChem Database [online]. Dostupné z: https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/

1. Úvod, rámec oboru a výběr látky. Kritické zhodnocení článku o zvoleném kontaminantu z hlediska jeho regulační a environmentální relevantnosti.

2. Osud a transport kontaminantů. Procesy ovlivňující chování látek v prostředí – difuze, sorpce, retardace, biodegradaca.

3. Mechanismy toxicity a rámec AOP (Adverse Outcome Pathways). Vazba mezi molekulární iniciační událostí (MIE) a výsledným účinkem (AO).

4. Klasické vs. nové kontaminanty. Transformační produkty, výskyt v prostředí, srovnání skupin kontaminantů.

5. QSAR I: Predikce vlastností. Predikce fyzikálně-chemických a toxikologických vlastností pomocí modelů ECHA/US EPA.

6. QSAR II: Modelování metabolické aktivace. Simulace biotických transformací a identifikace potenciálně toxických metabolitů.

7. Ekotoxikologické testy a nové přístupy (NAMs). Standardní OECD testy a moderní metody (např. ToxCast).

8. Propojování modelových a experimentálních dat. Srovnání predikovaných a měřených hodnot toxicity.

9. Hodnocení rizika (ERA, SSD, PNEC). Principy hodnocení rizika, výpočet PNEC z experimentálních a literárních dat.

10. Ekotoxikologie směsí a interakce. Rizika směsí kontaminantů, synergismus a aditivní účinky.

11. Ekotoxikologie půd, sedimentů a biofilmů. Toxicita a biologická dostupnost látek v půdním a sedimentovém prostředí.

12. Remediace a mitigace kontaminantů. Porovnání účinnosti různých metod degradace a odstranění z prostředí.

13. Regulační věda a relevantnost. Hodnocení regulační a environmentální významnosti dostupných studií.

14. Komunikace rizika a nejistoty. Přístupy k prezentaci rizik odborné a laické veřejnosti.

1. Introduction, scope of the field, and selection of the compound. Critical evaluation of a research article on the selected contaminant in terms of its regulatory and environmental relevance.

2. Fate and transport of contaminants. Processes influencing the environmental behavior of substances – diffusion, sorption, retardation, biodegradation.

3. Toxicity mechanisms and the AOP (Adverse Outcome Pathways) framework. Relationship between molecular initiating events (MIE) and adverse outcomes (AO).

4. Conventional vs. emerging contaminants. Transformation products, environmental occurrence, and comparison of contaminant groups.

5. QSAR I: Property prediction. Prediction of physicochemical and toxicological properties using ECHA/US EPA models.

6. QSAR II: Modeling metabolic activation. Simulation of biotic transformations and identification of potentially toxic metabolites.

7. Ecotoxicological tests and new approach methods (NAMs). Standard OECD tests and modern approaches (e.g., ToxCast).

8. Linking modeling and experimental data. Comparison of predicted and measured toxicity values.

9. Risk assessment (ERA, SSD, PNEC). Principles of risk assessment, PNEC calculation based on experimental and literature data.

10. Ecotoxicology of mixtures and interactions. Risks associated with contaminant mixtures, synergism, and additive effects.

11. Ecotoxicology of soils, sediments, and biofilms. Toxicity and bioavailability of substances in soil and sediment environments.

12. Remediation and mitigation of contaminants. Comparison of the efficiency of various degradation and removal methods.

13. Regulatory science and relevance. Evaluation of the regulatory and environmental significance of available studies.

14. Risk and uncertainty communication. Approaches to presenting environmental risks to scientific and general audiences.

Základní studijní opory tvoří odborné články a přehledové studie uvedené v jednotlivých blocích sylabu, doplněné doporučenými webináři a video materiály (EPA, ECHA, OECD). Pro práci s daty a modely jsou využívány veřejně dostupné databáze a nástroje, zejména EPA ECOTOX Knowledgebase, ECHA REACH, OECD QSAR Toolbox a EPA CompTox Dashboard. Doporučená literární opora: Walker, C. H. et al. (2012) Principles of Ecotoxicology; Schwarzenbach, R. P. et al. (2017) Environmental Organic Chemistry.

The main study materials include scientific papers and review articles listed in the individual syllabus blocks, complemented by recommended webinars and video materials (EPA, ECHA, OECD). Work with data and models is based on publicly available databases and tools, in particular the EPA ECOTOX Knowledgebase, ECHA REACH, OECD QSAR Toolbox, and the EPA CompTox Dashboard. Recommended literature: Walker, C. H. et al. (2012) Principles of Ecotoxicology; Schwarzenbach, R. P. et al. (2017) Environmental Organic Chemistry.

Po absolvování předmětu bude student schopen kriticky hodnotit environmentální a toxikologická data o vybraných kontaminantech, aplikovat principy hodnocení environmentálního rizika, propojovat chemické vlastnosti látek s jejich osudem v prostředí a biologickými účinky a využívat predikční a modelovací nástroje k návrhu vhodných strategií mitigace nebo remediace.

After completing the course, the student will be able to critically evaluate environmental and toxicological data on selected contaminants, apply the principles of environmental risk assessment, relate chemical properties to environmental fate and biological effects, and use predictive and modeling tools to propose appropriate mitigation or remediation strategies.