|
|
|
||
|
Přednáška se zaměřuje na komparativní genomiku a to jak ve vertikálním směru, mezidruhově, s důrazem na biologickou evoluci, tak ve směru horizontálním, vnitrodruhově, s akcentem na diverzitu populací. Popisuje hlavní evoluční principy a jejich aplikaci na genomická a proteomická data s důrazem na nové vysokopropustné sekvenační metody druhé a třetí generace. Probírá metody a algoritmy tvorby evolučních stromů z genomových i proteomických dat. Ukazuje rozdíly mezi genovými a druhovými stromy. Dále popisuje známé mutační procesy, evoluci genomů, koncept molekulárních hodin, selekci a genetický drift na molekulární úrovni, zastoupení nukleotidů, polymorfismy. Jedna přednáška je věnována vyhodnocování kvality spolehlivosti fylogenetických stromů. Přednáška dále ukazuje vnitrodruhovou genetickou variabilitu v rámci populací, způsoby měření této variability a různé modely populační genetiky. Pozornost je věnována hlavním evolučním procesům, které tuto populační variabilitu formují (genetický drift, izolace, migrace, selekce). Z klinických aplikací je probírána detekce variant jak v zárodečné, tak v somatické linii a jejich vazba na lidská onemocnění.
Poslední úprava: Svozil Daniel (10.01.2018)
|
|
||
|
Studenti budou umět: Připravit data vhodná k tvorbě evolučních a komparačních analýz Vytvářet fylogenetické stromy z DNA i z proteinových sekvencí Testovat kvalitu fylogenetických stromů Porozumí fylogenetickým algoritmům jako je UPGMA, WPGMA, Maximální parsimonie, Maximální věrohodnost Identifikovat mutace v zárodečných a somatických liniích Identifikovat malé i velké strukturní varianty Anotovat nalezené mutace a varianty Poslední úprava: Svozil Daniel (10.01.2018)
|
|
||
|
Studenti získají zápočet za řešení úloh zadaných na cvičeních. Výsledná zkouška sestává z písemného testu a následné ústní zkoušky (hodnotí se 50:50). Poslední úprava: Svozil Daniel (26.01.2018)
|
|
||
|
Z: Miloš Macholán: Základy fylogenetické analýzy, 978-80-210-6363-1, Masarykova univerzita Brno, 2014 Z: Relichová Jiřina: Genetika populací, ISBN 978-80-210-4795-2, Masarykova univerzita Brno, 2009 D: Flegr: Evoluční biologie. Academia, 2009 D: Mark Jobling, Edward Hollox, Toomas Kivisild, Chris Tyler-Smith: Human Evolutionary Genetics, Garland Science, 2014 D: Baum, D. A., & S. D. Smith. 2013. Tree-Thinking: An Introduction to Phylogenetic Biology. D: Philip W. Hedrick: Genetics of populations, ISBN 978-0763757373, Jones and Bartlett Publishers Sudbury, USA, 2009 Poslední úprava: Svozil Daniel (29.10.2018)
|
|
||
|
Zápočet: úlohy ze cvičení Zkouška: písemný test, následná ústní zkouška 50/50 Poslední úprava: Svozil Daniel (10.01.2018)
|
|
||
|
1. Molekulární fylogenetická analýza 2. Molekulární evoluce; evoluce genomů 3. Molekulární hodiny, UPGMA, WPGMA, neighbour joining 4. Fylogenetické stromy, evoluční modely 5. Metody konstrukce fylogenetických stromů, 6. Vyhodnocování kvality fylogenetických stromů 7. Lidský genom, lidská populace a její genetická variabilita 8. Míry genetické variability, Hardy-Weinbergova rovnováha 9. Genetický drift, migrace a izolace 10. Výpočetní metody měření selekce 11. Krátké genomové varianty a jejich hledání 12. Genetická onemocnění, mutace v zárodečné a somatické linii 13. Strukturní varianty 14. Anotace a interpretace genetických variant Poslední úprava: Svozil Daniel (10.01.2018)
|
|
||
|
on-line kurzy https://github.com/schatzlab/appliedgenomics https://github.com/quinlan-lab/applied-computational-genomics Poslední úprava: Svozil Daniel (10.01.2018)
|
|
||
|
Molekulární biologie/genetika, biochemie, Linux a příkazová řádka (bash), základy bioinformatiky. Poslední úprava: Svozil Daniel (10.01.2018)
|
| Zátěž studenta | ||||
| Činnost | Kredity | Hodiny | ||
| Účast na přednáškách | 1 | 28 | ||
| Příprava na přednášky, semináře, laboratoře, exkurzi nebo praxi | 1 | 28 | ||
| Příprava na zkoušku a její absolvování | 1 | 28 | ||
| 3 / 3 | 84 / 84 | |||