PředmětyPředměty(verze: 853)
Předmět, akademický rok 2019/2020
  
Semantic web in chemistry and biology - AP143004
Anglický název: Semantic web in chemistry and biology
Zajišťuje: Ústav informatiky a chemie (143)
Platnost: od 2019
Semestr: oba
Body: 0
E-Kredity: 0
Způsob provedení zkoušky:
Rozsah, examinace: 3/0 Jiné [hodiny/týden]
Počet míst: zimní:neomezen / neurčen (neurčen)
letní:neurčen / neurčen (neurčen)
Minimální obsazenost: neomezen
Jazyk výuky: angličtina
Způsob výuky: prezenční
Úroveň:  
Pro druh: doktorské
Poznámka: předmět lze zapsat v ZS i LS
Garant: Galgonek Jakub RNDr. Ph.D.
Záměnnost : P143004
Anotace -
Poslední úprava: Pátková Vlasta (08.06.2018)
Přednáška seznámí studenty jak teoreticky tak prakticky s technologiemi Sémantického webu využívanými v oblasti chemických a biologických databází. Sémantický web byl navržen za účelem lepší interoperability dat. Té je dosaženo konceptualizací dat a jejich ukládáním podle standardizovaných pravidel. Klíčové je přitom vytvářením ontologií popisujících organizaci dat v jednotlivých doménách. Obecná část přednášky se zaměří na jednotlivé technologie umožňující ukládání, zpřístupnění, vyhledávání a zpracování dat. Praktická část přednášky se následně zaměří na ontologie používané v chemických a biologických databázích postavených nad těmito technologiemi.
Výstupy studia předmětu -
Poslední úprava: Pátková Vlasta (08.06.2018)

Studenti budou umět:

  • Ovládat základní principy sémantických databází (hlavně Resource Description Framework)
  • Umět se dotazovat pomocí jazyka SPARQL
  • Kombinovat data z více databází pomocí federovaných dotazů
  • Rozumět datovým ontologiím zapisovaných v jazycích RDFS a OWL
  • Používat konkrétní databáze a rozumět v nich používaným ontologiím

Literatura -
Poslední úprava: Pátková Vlasta (08.06.2018)

Z: R. Cyganiak, D. Wood, M. Lanthaler, RDF 1.1 Concepts and Abstract Syntax, https://www.w3.org/TR/rdf11-concepts/.

Z: S. Harris, A. Seaborne, SPARQL 1.1 Query Language, https://www.w3.org/TR/sparql11-query/.

Z: P. Hitzler, M. Krötzsch, B. Parsia, P. F. Patel-Schneider, S. Rudolph, OWL 2 Web Ontology Language Primer (Second Edition), https://www.w3.org/TR/owl2-primer/.

D: D Brickley, R.V. Guha, RDF Schema 1.1, https://www.w3.org/TR/rdf-schema/.

D: S. Das, S. Sundara, R. Cyganiak, R2RML: RDB to RDF Mapping Language, https://www.w3.org/TR/r2rml/.

D: B. DuCharme, Learning SPARQL: Querying and Updating with SPARQL 1.1, O'Reilly Media 2013, ISBN 1449371434. (kniha)

Studijní opory -
Poslední úprava: Pátková Vlasta (08.06.2018)

Online materiály kursu

Sylabus -
Poslední úprava: Pátková Vlasta (08.06.2018)

1. Základy Sémantického webu (Resource Description Framework)

2. Základy dotazovacího jazyka SPARQL

3. Pokročilé konstrukce jazyka SPARQL

4. Zpřístupnění relační databáze jako sémantické databáze (R2RML)

5. Existující implementace a frameworky (Jena, RDF4J, …)

6. Implementace vlastních rozšíření jazyka SPARQL

7. Jazyky pro zápis ontologií (RDFS, OWL, …)

8. Formáty pro zápis ontologií (RDF, XML, funkcionální nebo Manchester syntaxe)

9. Automatické odvozování nových dat (simple, RDF, RDFS a OWL entailment)

10. Obecně používané ontologie (DCMI, CiTO, …)

11. Ontologie používané v chemoinformatice (ChEBI, CHEMINF, …)

12. Ontologie používané v bioinformatice (GO, BioPAX, BAO, …)

13. Globální identifikace databázových entit

14. Související problémy interoperability chemických a biologických databází

Studijní prerekvizity -
Poslední úprava: Pátková Vlasta (08.06.2018)

Žádné

Podmínky zakončení předmětu -
Poslední úprava: Pátková Vlasta (08.06.2018)

Ústní zkouška

 
VŠCHT Praha