PředmětyPředměty(verze: 853)
Předmět, akademický rok 2019/2020
  
Sémantický web v chemii a biologii - P143004
Anglický název: Semantic web in chemistry and biology
Zajišťuje: Ústav informatiky a chemie (143)
Platnost: od 2019
Semestr: letní
Body: letní s.:0
E-Kredity: letní s.:0
Způsob provedení zkoušky: letní s.:
Rozsah, examinace: letní s.:3/0 Jiné [hodiny/týden]
Počet míst: neurčen / neurčen (neurčen)
Minimální obsazenost: neomezen
Jazyk výuky: čeština
Způsob výuky: prezenční
Úroveň:  
Pro druh: doktorské
Garant: Galgonek Jakub RNDr. Ph.D.
Je záměnnost pro: AP143004
Termíny zkoušek   Rozvrh   
Anotace -
Poslední úprava: Svozil Daniel doc. Mgr. Ph.D. (23.05.2018)
Přednáška seznámí studenty jak teoreticky tak prakticky s technologiemi Sémantického webu využívanými v oblasti chemických a biologických databází. Sémantický web byl navržen za účelem lepší interoperability dat. Té je dosaženo konceptualizací dat a jejich ukládáním podle standardizovaných pravidel. Klíčové je přitom vytvářením ontologií popisujících organizaci dat v jednotlivých doménách. Obecná část přednášky se zaměří na jednotlivé technologie umožňující ukládání, zpřístupnění, vyhledávání a zpracování dat. Praktická část přednášky se následně zaměří na ontologie používané v chemických a biologických databázích postavených nad těmito technologiemi.
Výstupy studia předmětu -
Poslední úprava: Svozil Daniel doc. Mgr. Ph.D. (23.05.2018)

Studenti budou umět:

  • Ovládat základní principy sémantických databází (hlavně Resource Description Framework)
  • Umět se dotazovat pomocí jazyka SPARQL
  • Kombinovat data z více databází pomocí federovaných dotazů
  • Rozumět datovým ontologiím zapisovaných v jazycích RDFS a OWL
  • Používat konkrétní databáze a rozumět v nich používaným ontologiím

Literatura -
Poslední úprava: Svozil Daniel doc. Mgr. Ph.D. (23.05.2018)

Z: R. Cyganiak, D. Wood, M. Lanthaler, RDF 1.1 Concepts and Abstract Syntax, https://www.w3.org/TR/rdf11-concepts/.

Z: S. Harris, A. Seaborne, SPARQL 1.1 Query Language, https://www.w3.org/TR/sparql11-query/.

Z: P. Hitzler, M. Krötzsch, B. Parsia, P. F. Patel-Schneider, S. Rudolph, OWL 2 Web Ontology Language Primer (Second Edition), https://www.w3.org/TR/owl2-primer/.

D: D Brickley, R.V. Guha, RDF Schema 1.1, https://www.w3.org/TR/rdf-schema/.

D: S. Das, S. Sundara, R. Cyganiak, R2RML: RDB to RDF Mapping Language, https://www.w3.org/TR/r2rml/.

D: B. DuCharme, Learning SPARQL: Querying and Updating with SPARQL 1.1, O'Reilly Media 2013, ISBN 1449371434. (kniha)

Studijní opory -
Poslední úprava: Svozil Daniel doc. Mgr. Ph.D. (23.05.2018)

Online materiály kursu

Sylabus -
Poslední úprava: Svozil Daniel doc. Mgr. Ph.D. (23.05.2018)

1. Základy Sémantického webu (Resource Description Framework)

2. Základy dotazovacího jazyka SPARQL

3. Pokročilé konstrukce jazyka SPARQL

4. Zpřístupnění relační databáze jako sémantické databáze (R2RML)

5. Existující implementace a frameworky (Jena, RDF4J, …)

6. Implementace vlastních rozšíření jazyka SPARQL

7. Jazyky pro zápis ontologií (RDFS, OWL, …)

8. Formáty pro zápis ontologií (RDF, XML, funkcionální nebo Manchester syntaxe)

9. Automatické odvozování nových dat (simple, RDF, RDFS a OWL entailment)

10. Obecně používané ontologie (DCMI, CiTO, …)

11. Ontologie používané v chemoinformatice (ChEBI, CHEMINF, …)

12. Ontologie používané v bioinformatice (GO, BioPAX, BAO, …)

13. Globální identifikace databázových entit

14. Související problémy interoperability chemických a biologických databází

Studijní prerekvizity -
Poslední úprava: Svozil Daniel doc. Mgr. Ph.D. (23.05.2018)

Žádné

Podmínky zakončení předmětu -
Poslední úprava: Svozil Daniel doc. Mgr. Ph.D. (23.05.2018)

Ústní zkouška

 
VŠCHT Praha