PředmětyPředměty(verze: 854)
Předmět, akademický rok 2019/2020
  
Computational genomics algorithms - AP500002
Anglický název: Computational genomics algorithms
Zajišťuje: ČVUT v Praze, Fakulta informačních technologií (500)
Platnost: od 2019
Semestr: oba
Body: 0
E-Kredity: 0
Způsob provedení zkoušky:
Rozsah, examinace: 3/0 Jiné [hodiny/týden]
Počet míst: zimní:neomezen / neurčen (neurčen)
letní:neurčen / neurčen (neurčen)
Minimální obsazenost: neomezen
Jazyk výuky: angličtina
Způsob výuky: prezenční
Úroveň:  
Pro druh: doktorské
Poznámka: předmět lze zapsat v ZS i LS
Garant: Holub Jan prof. Ing. Ph.D.
Záměnnost : P500002
Anotace -
Poslední úprava: Pátková Vlasta (08.06.2018)
Předmět se zabývá efektivními algoritmy pro různé úlohy bioinformatiky. Jednou takovou úlohou je alignment dvou ale i více sekvencí. Dále se zabývá algoritmy pro jednotlivé fáze sestavení genomu. Předmět také představuje komprimované datové struktury pro uchovávání a indexování genomů a jejich velmi rychlé prohledávání.
Výstupy studia předmětu -
Poslední úprava: Pátková Vlasta (08.06.2018)

Studenti budou umět:

  • Znát základní principy algoritmů pro zarovnání více sekvencí,
  • znát algoritmické pozadí sestavování genomu,
  • znát kompresní metody používané pro efektivná ukládání a indexování genomů,
  • znát algoritmické pozadí analýzy a porovnávání genomů.

Literatura -
Poslední úprava: Pátková Vlasta (08.06.2018)

Z: V. Mäkinen, D. Belazzougui, F. Cunial, A.I. Tomescu: Genome-Scale Algorithm Design: Biological Sequence Analysis in the Era of High-Throughput Sequencing. Cambridge University Press, 2015. ISBN: 978-1107078536

Z: E. Ohlebusch: Bioinformatics Algorithms: Sequence Analysis, Genome Rearrangements, and Phylogenetic Reconstruction. Oldenbusch Verlag, 2013. ISBN: 978-3000413162

Studijní opory -
Poslední úprava: Pátková Vlasta (08.06.2018)

Online materiály ke kursům

Sylabus -
Poslední úprava: Pátková Vlasta (08.06.2018)

1. Algoritmy pro zarovnání více sekvencí I - skórovací systémy, dynamické programování

2. Algoritmy pro zarovnání více sekvencí II - heuristické algoritmy - metoda progresivní a metoda branch and bound

3. Algoritmy pro zarovnání readů

4. Sestavení genomu a řetězcové grafy

5. De Bruijnovy grafy a Eulerivská cesta.

6. Konstrukce de Bruijnových grafů.

7. Reprezentace de Bruijnových grafů.

8. Algoritmy pro scaffolding.

9. Komprese genomu I - založená na LZ

10. Komprese genomu II - založená na BWT

11. Analýza a porovnání genomů I - paměťově efektivní analýza genomů

12. Analýza a porovnání genomů II - porovnání genomů bez zarovnání

13. Poslední vývoj ve výpočetním zpracování genomu.

14. Shrnutí algoritmů výpočetní genomiky

Studijní prerekvizity -
Poslední úprava: Pátková Vlasta (08.06.2018)

Algoritmické myšlení

Podmínky zakončení předmětu -
Poslední úprava: Pátková Vlasta (08.06.2018)

Zkouška sestává z písemného testu a ústní část

 
VŠCHT Praha