PředmětyPředměty(verze: 965)
Předmět, akademický rok 2024/2025
  
Laboratoř programu Bioinformatika II - B320008
Anglický název: Bioinformatics programm Laboratory II
Zajišťuje: Ústav biochemie a mikrobiologie (320)
Fakulta: Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Platnost: od 2021
Semestr: zimní
Body: zimní s.:1
E-Kredity: zimní s.:1
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:0/2, KZ [HT]
Počet míst: neurčen / neomezen (neurčen)
Minimální obsazenost: neomezen
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: čeština
Způsob výuky: prezenční
Úroveň:  
Garant: Sácký Jan Ing. Ph.D.
Šuman Jáchym Ing. Ph.D.
Třída: Základní laboratoře
Záměnnost : N320097
Pro tento předmět jsou dostupné online materiály
Anotace -
Předmět umožňuje získání praktických dovedností v základních metodách, které jsou rutinně využívány v molekulárně-biologické praxi a vedou k získávání dat, které často podléhají bioinformatickému zpracování. Cílí zejména na metody izolace a analýzy sekvencí DNA a elektroforetické separace cílových proteinů, ale představuje i zásady správné laboratorní praxe, organizace a interpretace experimentu a poskytuje i další náhled na teoretické poznatky, které si posluchači osvojovali v předchozím studiu.
Poslední úprava: Kubová Petra (04.01.2018)
Podmínky zakončení předmětu (Další požadavky na studenta) -

Složení ústní zkoušky

Poslední úprava: Uhlík Ondřej (05.03.2018)
Literatura -

Z: Ruml T., Rumlová M., Pačes V., Genové inženýrství, VŠCHT Praha, 2002, 9788070804995

Poslední úprava: Kubová Petra (04.01.2018)
Sylabus -

1. Bezpečná práce v laboratoři, správná laboratorní praxe a záznam o vedeném experimentu

2. Seznámení s organizací práce a zásadami používání specifických pomůcek a reagencií

3. Izolace plasmidové DNA v malém měřítku

4. Restriční štěpení plasmidové DNA

5. Elektroforetická analýza štěpeného plasmidu

6. Polymerasová řetězová reakce (PCR)

7. Elektroforetické ověření správnosti amplikonu PCR

8. Reakce pro sekvenování DNA

9. Analýza produktů sekvenační reakce a čtení sekvence DNA

10. Příprava buněčného extraktu producenta rekombinantního proteinu

11. Elektroforetický separace buněčného extraktu a izolovaného rekombinantního proteinu

12. Zaznamenání a interpretace výsledku separace proteinů

13. Diskuse možností změn podmínek experimentů a jejich vlivu na výsledek

14. Zpracování výsledků do závěrečného protokolu

Poslední úprava: Kubová Petra (04.01.2018)
Studijní opory -

návody a protokoly výrobců pomůcek a souprav na http://www.protocol-online.org/

Poslední úprava: Kubová Petra (04.01.2018)
Výsledky učení -

Student bude umět:

Samostatně vést předmětný experiment a záznamy o něm. Připravit preparáty specifické DNA z buněk i in vitro a vést jejich základní analýzu pomocí štěpení restrikčními endonukleasami a stanovení nukleotidové sekvence. Připravit a vést a interpretovat základní elektroforetické analýzy DNA a proteinů. Osvojí si základní pracovní návyky specifické pro experimentální práci v molekulárně-biologické laboratoři a bude se orientovat v možnostech změn (optimalizací) některých základních parametrů experimentu.

Poslední úprava: Kubová Petra (04.01.2018)
Studijní prerekvizity -

nejsou

Poslední úprava: Kubová Petra (04.01.2018)
 
VŠCHT Praha