PředmětyPředměty(verze: 853)
Předmět, akademický rok 2019/2020
  
Laboratoř programu Bioinformatika II - B320008
Anglický název: Bioinformatics programm Laboratory II
Zajišťuje: Ústav biochemie a mikrobiologie (320)
Platnost: od 2019
Semestr: zimní
Body: zimní s.:1
E-Kredity: zimní s.:1
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:0/2 KZ [hodiny/týden]
Počet míst: neurčen / neurčen (neurčen)
Minimální obsazenost: neomezen
Jazyk výuky: čeština
Způsob výuky: prezenční
Úroveň:  
Pro druh: bakalářské
Garant: Uhlík Ondřej doc. Ing. Ph.D.
Záměnnost : N320097
Anotace -
Poslední úprava: Kubová Petra Ing. (04.01.2018)
Předmět umožňuje získání praktických dovedností v základních metodách, které jsou rutinně využívány v molekulárně-biologické praxi a vedou k získávání dat, které často podléhají bioinformatickému zpracování. Cílí zejména na metody izolace a analýzy sekvencí DNA a elektroforetické separace cílových proteinů, ale představuje i zásady správné laboratorní praxe, organizace a interpretace experimentu a poskytuje i další náhled na teoretické poznatky, které si posluchači osvojovali v předchozím studiu.
Výstupy studia předmětu -
Poslední úprava: Kubová Petra Ing. (04.01.2018)

Student bude umět:

Samostatně vést předmětný experiment a záznamy o něm. Připravit preparáty specifické DNA z buněk i in vitro a vést jejich základní analýzu pomocí štěpení restrikčními endonukleasami a stanovení nukleotidové sekvence. Připravit a vést a interpretovat základní elektroforetické analýzy DNA a proteinů. Osvojí si základní pracovní návyky specifické pro experimentální práci v molekulárně-biologické laboratoři a bude se orientovat v možnostech změn (optimalizací) některých základních parametrů experimentu.

Literatura -
Poslední úprava: Kubová Petra Ing. (04.01.2018)

Z: Ruml T., Rumlová M., Pačes V., Genové inženýrství, VŠCHT Praha, 2002, 9788070804995

Studijní opory -
Poslední úprava: Kubová Petra Ing. (04.01.2018)

návody a protokoly výrobců pomůcek a souprav na http://www.protocol-online.org/

Sylabus -
Poslední úprava: Kubová Petra Ing. (04.01.2018)

1. Bezpečná práce v laboratoři, správná laboratorní praxe a záznam o vedeném experimentu

2. Seznámení s organizací práce a zásadami používání specifických pomůcek a reagencií

3. Izolace plasmidové DNA v malém měřítku

4. Restriční štěpení plasmidové DNA

5. Elektroforetická analýza štěpeného plasmidu

6. Polymerasová řetězová reakce (PCR)

7. Elektroforetické ověření správnosti amplikonu PCR

8. Reakce pro sekvenování DNA

9. Analýza produktů sekvenační reakce a čtení sekvence DNA

10. Příprava buněčného extraktu producenta rekombinantního proteinu

11. Elektroforetický separace buněčného extraktu a izolovaného rekombinantního proteinu

12. Zaznamenání a interpretace výsledku separace proteinů

13. Diskuse možností změn podmínek experimentů a jejich vlivu na výsledek

14. Zpracování výsledků do závěrečného protokolu

Studijní prerekvizity -
Poslední úprava: Kubová Petra Ing. (04.01.2018)

nejsou

Podmínky zakončení předmětu -
Poslední úprava: Uhlík Ondřej doc. Ing. Ph.D. (05.03.2018)

Složení ústní zkoušky

Hodnocení studenta
Forma Váha
Ústní zkouška 100

 
VŠCHT Praha