PředmětyPředměty(verze: 838)
Předmět, akademický rok 2018/2019
  

Z důvodů aktualizace databázového systému bud o víkendu 15.12. - 16.12.  nedostupný studijní informační systém.

E-learning ( https://e-learning.vscht.cz ) bude fungovat, v případě výpadku pište na cis-support@vscht.cz

Děkujeme za pochopení,

Výpočetní centrum VŠCHT Praha

Laboratoř oboru Bioinformatika II - N320097
Anglický název: Bioinformatics: Specialisation Laboratory II
Zajišťuje: Ústav biochemie a mikrobiologie (320)
Platnost: od 2016
Semestr: zimní
Body: zimní s.:1
E-Kredity: zimní s.:1
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:0/2 KZ [hodiny/týden]
Počet míst: neurčen / neurčen (neurčen)
Minimální obsazenost: neomezen
Jazyk výuky: čeština
Způsob výuky: prezenční
Úroveň:  
Pro druh:  
Garant: Uhlík Ondřej doc. Ing. Ph.D.
Anotace -
Poslední úprava: Kotrba Pavel prof. Ing. Ph.D. (02.07.2013)
Předmět umožňuje získání praktických dovedností v základních metodách, které jsou rutinně využívány v molekulárně-biologické praxi a vedou k získávání dat, které často podléhají bioinformatickému zpracování. Cílí zejména na metody izolace a analýzy sekvencí DNA a elektroforetické separace cílových proteinů, ale představuje i zásady správné laboratorní praxe, organizace a interpretace experimentu a poskytuje i další náhled na teoretické poznatky, které si posluchači osvojovali v předchozím studiu.
Výstupy studia předmětu -
Poslední úprava: Kotrba Pavel prof. Ing. Ph.D. (09.07.2013)

Student bude umět:

Samostatně vést předmětný experiment a záznamy o něm. Připravit preparáty specifické DNA z buněk i in vitro a vést jejich základní analýzu pomocí štěpení restrikčními endonukleasami a stanovení nukleotidové sekvence. Připravit a vést a interpretovat základní elektroforetické analýzy DNA a proteinů. Osvojí si základní pracovní návyky specifické pro experimentální práci v molekulárně-biologické laboratoři a bude se orientovat v možnostech změn (optimalizací) některých základních parametrů experimentu.

Literatura -
Poslední úprava: Kotrba Pavel prof. Ing. Ph.D. (02.07.2013)

Z: Ruml T., Rumlová M., Pačes V., Genové inženýrství, VŠCHT Praha, 2002, 9788070804995

Studijní opory -
Poslední úprava: Kotrba Pavel prof. Ing. Ph.D. (02.07.2013)

návody a protokoly výrobců pomůcek a souprav na http://www.protocol-online.org/

Sylabus -
Poslední úprava: Kotrba Pavel prof. Ing. Ph.D. (02.07.2013)

1. Bezpečná práce v laboratoři, správná laboratorní praxe a záznam o vedeném experimentu

2. Seznámení s organizací práce a zásadami používání specifických pomůcek a reagencií

3. Izolace plasmidové DNA v malém měřítku

4. Restriční štěpení plasmidové DNA

5. Elektroforetická analýza štěpeného plasmidu

6. Polymerasová řetězová reakce (PCR)

7. Elektroforetické ověření správnosti amplikonu PCR

8. Reakce pro sekvenování DNA

9. Analýza produktů sekvenační reakce a čtení sekvence DNA

10. Příprava buněčného extraktu producenta rekombinantního proteinu

11. Elektroforetický separace buněčného extraktu a izolovaného rekombinantního proteinu

12. Zaznamenání a interpretace výsledku separace proteinů

13. Diskuse možností změn podmínek experimentů a jejich vlivu na výsledek

14. Zpracování výsledků do závěrečného protokolu

Studijní prerekvizity -
Poslední úprava: Kotrba Pavel prof. Ing. Ph.D. (02.07.2013)

nejsou

 
VŠCHT Praha