PředmětyPředměty(verze: 838)
Předmět, akademický rok 2018/2019
  

Z důvodů aktualizace databázového systému bud o víkendu 15.12. - 16.12.  nedostupný studijní informační systém.

E-learning ( https://e-learning.vscht.cz ) bude fungovat, v případě výpadku pište na cis-support@vscht.cz

Děkujeme za pochopení,

Výpočetní centrum VŠCHT Praha

Počítačový návrh léčiv - N143052
Anglický název: Computational drug design
Zajišťuje: Laboratoř informatiky a chemie (143)
Platnost: od 2016
Semestr: letní
Body: letní s.:5
E-Kredity: letní s.:5
Způsob provedení zkoušky: letní s.:
Rozsah, examinace: letní s.:2/2 Z+Zk [hodiny/týden]
Počet míst: neurčen / neurčen (neurčen)
Minimální obsazenost: neomezen
Jazyk výuky: čeština
Způsob výuky: prezenční
Úroveň:  
Pro druh:  
Garant: Svozil Daniel doc. Mgr. Ph.D.
Pro tento předmět jsou dostupné online materiály
Anotace -
Poslední úprava: ROZ143 (02.08.2013)
Cílem předmětu je seznámit studenty se základními principy a metodami molekulární informatiky a cheminformatiky, které se zabývají ukládáním a analyzováním vztahů mezi malými molekulami a biomolekulami. Studenti budou též obeznámeni se základními koncepty příbuzného oboru počítačového návrhu léčiv. Přednášená témata pokrývají např. oblasti vyhodnocování podobnosti mezi molekulami a konstrukce chemických knihoven, predikce biologické aktivity ze struktury, virtuální testování biologické akivity či predikce farmakokinetických a toxikologických vlastností sloučenin.
Výstupy studia předmětu -
Poslední úprava: ROZ143 (02.08.2013)

Studenti budou umět:

  • Orientovat se v problematice ukládání a zpracování strukturních dat
  • Zvládat základní principy vyhodnocení podobnosti mezi strukturami malých organických ligandů.
  • Konstruovat chemické knihovny s požadovanými fyzikálně-chemickými vlastnostmi.
  • Předpovídat biologickou aktivitu ze struktury sloučeniny.
  • Rozumět hlavním algoritmům používaným v chemoinformatických aplikacích.
Literatura -
Poslední úprava: ROZ143 (11.06.2013)

Z: Leach A. R., An Introduction to Chemoinformatics, Springer, 2007, ISBN 1402062907

Z: Bunin B. A., Siesel B., Morales G., Bajorath J., Chemoinformatics: Theory, Practice, & Products, Springer, 2010, ISBN 9048172500

Studijní opory -
Poslední úprava: ROZ143 (02.08.2013)

žádné

Sylabus -
Poslední úprava: ROZ143 (11.07.2013)

1. Co je molekulární informatika, základní koncepty. Molekulární informatika, chemoinformatika a počítačový návrh léčiv. Vztah mezi molekulární informatikou, chemoinformatikou a bioinformatikou, jejich synergie a rozdíly.

2. Reprezentace a manipulace s dvourozměrnými molekulárními strukturami. Lineární notace zápisu chemických struktur (SMILES, InChI, InChIKey). Přenositelné formáty pro popis chemických struktur (SDF, rodina CTFile).

3. Strukturní a podstrukturní vyhledávání, praktické aspekty strukturního prohledávání.

4. Molekulové deskriptory vypočtené z 2D a 3D reprezentace molekuly.

5. Molekulové podobnostní metody - podobnost založená na 2D otiscích, podobnostní koeficienty, 3D podobnost.

6. Klasifikace a výběr sloučenin. Kombinatorická chemie a návrh chemických knihoven - diverzní a fokusované knihovny, multi-objektivní návrh.

7. Virtuální screening. Farmakofory - metody jejich získávání a jejich použití ve virtuálním screeningu.

8. Prediktivní QSAR (vztah mezi strukturou aktivitou) modelování - obecný postup a příprava dat.

9. Prediktivní QSAR modelování - vývoj a validace QSAR modelů.

10. Analýza dat z testování s vysokou propustností.

11. Predikce farmakokinetických(ADME/Tox) vlastností.

12. Počítačem řízený návrh molekul - inverzní a de novo návrh.

13. Chemoinformatický software a databázové technologie.

14. Integrované chemo- a bioinformatické přístupy ve virtuálním screeningu a počítačovém návrhu léčiv.

Studijní prerekvizity -
Poslední úprava: ROZ143 (02.08.2013)

Biochemie, Organická chemie, Molekulární genetika

Podmínky zakončení předmětu
Poslední úprava: ROZ143 (11.06.2013)

Na závěr semestru se skládá písemná zkouška.

Zátěž studenta
Činnost Kredity Hodiny
Účast na přednáškách 1 28
Příprava na přednášky, semináře, laboratoře, exkurzi nebo praxi 1 28
Příprava na zkoušku a její absolvování 1 28
3 / 5 84 / 140
Hodnocení studenta
Forma Váha
Zkouškový test 100

 
VŠCHT Praha