Poslední úprava: Lipov Jan doc. Ing. Ph.D. (02.05.2018)
Mikroskopie umožňuje efektivní a unikátní přístup při studiu fixovaných preparátů i živých buněk s vysokou specifitou a citlivostí. Předmět si klade za cíl seznámit doktorandy s moderními mikroskopickými technikami pro zobrazování biologických objektů. Součástí workshopu bude seznámení s automatizovanou wide-field, konfokální i vysokorozlišovací fluorescenční mikroskopií. Budou objasněny fyzikální mechanismy a následně teoretické a/nebo praktické základy jednotlivých moderních mikroskopických technik. Budou probrány rovněž základy analýzy obrazu.
Poslední úprava: Lipov Jan doc. Ing. Ph.D. (02.05.2018)
Microscopy techniques provide an efficient and unique approach to the study of fixed tissues and living cells with high specificity and sensitivity. Workshop aims to introduce the students to modern microscopy techniques for biology object imaging. Part of the workshop will be the introduction to automated wide-field, confocal and superresolution fluorescent microscopy. First, a brief introduction to the physical mechanisms underlying these imaging techniques will be given. Then we introduce the theoretical and/or practical basis of particular advanced imaging techniques. The basics of image analysis will be covered as well.
Výstupy studia předmětu -
Poslední úprava: Lipov Jan doc. Ing. Ph.D. (02.05.2018)
Student se seznámí s moderními poznatky a metodikou v pokročilé mikroskopii biologických objektů, získá přehled o základech použitelných technik, což mu umožní kvalifikované rozhodnutí, kterou z nich zvolit při vědeckovýzkumné činnosti.
Poslední úprava: Lipov Jan doc. Ing. Ph.D. (02.05.2018)
Student will be introduced to modern facts and methodology in advanced microscopy of biological objects, she/he will obtain an overview of possible techniques, which allows her/him more qualified decisions in scientific research activities.
Literatura -
Poslední úprava: Lipov Jan doc. Ing. Ph.D. (19.10.2018)
Vědecké práce a online knihy z portfolia Nature Research, AAAS a dalších.
Reviews in Fluorescence, Geddes, Chris D., Lakowicz, Joseph R., Springer, ISSN: 1573-8086
Fluorescence Imaging and Biological Quantification, Raquel Seruca, Jasjit S. Suri, J. Miquel Sanches, CRC Press, ISBN: 9781498737043
Fluorescence Microscopy: From Principles to Biological Applications, 2nd Edition,Ulrich Kubitscheck, Wiley-Blackwell, ISBN: 978-3-527-33837-5
Advanced Fluorescence Microscopy Methods and Protocols, Verveer, Peter J., Springer, ISBN: 978-1-4939-2080-8
Super-resolution microscopy collection, Nature
webové stránky výrobců mikroskopů (Zeiss, Leica, Olympus, Nikon), např.
http://zeiss-campus.magnet.fsu.edu/tutorials/
https://www.microscopyu.com/tutorials
Poslední úprava: Lipov Jan doc. Ing. Ph.D. (19.10.2018)
Scientific papers and online books from the portfolio of Nature Research, AAAS and others.
Reviews in Fluorescence, Geddes, Chris D., Lakowicz, Joseph R., Springer, ISSN: 1573-8086
Fluorescence Imaging and Biological Quantification, Raquel Seruca, Jasjit S. Suri, J. Miquel Sanches, CRC Press, ISBN: 9781498737043
Fluorescence Microscopy: From Principles to Biological Applications, 2nd Edition,Ulrich Kubitscheck, Wiley-Blackwell, ISBN: 978-3-527-33837-5
Advanced Fluorescence Microscopy Methods and Protocols, Verveer, Peter J., Springer, ISBN: 978-1-4939-2080-8
Super-resolution microscopy collection, Nature
web pages of microscopic companies (Zeiss, Leica, Olympus, Nikon), for example
http://zeiss-campus.magnet.fsu.edu/tutorials/
https://www.microscopyu.com/tutorials
Metody výuky -
Poslední úprava: Lipov Jan doc. Ing. Ph.D. (02.05.2018)
Aplikace fluorescenční mikroskopie - STED (Stimulated Emission Depletion microscopy), FLIM (Fluorescence-Lifetime Imaging Microscopy)
Analýza obrazu – úprava parametrů obrazu před snímáním, sofware pro zpracování a analýzu - dekonvoluce, 3D vizualizace, kolokalizace, tracking, korekce chromatických aberací.
Poslední úprava: Lipov Jan doc. Ing. Ph.D. (02.05.2018)
Fluorescence microscopy as a specific part of optical microscopy, quantification of fluorescence, fluorescent tags.
Confocal, multiphoton and correlation microscopy.
The application of fluorescence microscopy - FRAP (Fluorescence Recovery After Photobleaching), FRET (Förster Resonance Energy Transfer)
The application of fluorescence microscopy - TIRF (Total Internal Reflection Fluorescence), SIM (Structured Illumination Microscopy)
The application of fluorescence microscopy - PALM (PhotoActivated Localization Microscopy), STORM (Stochastic Optical Reconstruction Microscopy)
The application of fluorescence microscopy - STED (Stimulated Emission Depletion microscopy), FLIM (Fluorescence-Lifetime Imaging Microscopy).
Image analysis – parameter ajdustment before acquisition, software for image processing and analysis – deconvolution, 3D visualization, colocalization, tracking, correction of chromatic abberations.
Vstupní požadavky -
Poslední úprava: Lipov Jan doc. Ing. Ph.D. (02.05.2018)
Základní znalosti optiky a mikroskopických technik.
Poslední úprava: Lipov Jan doc. Ing. Ph.D. (02.05.2018)
Basic knowledge in the field of optics and microscopic techniques.
Podmínky zakončení předmětu -
Poslední úprava: Lipov Jan doc. Ing. Ph.D. (02.05.2018)
Aktivní účast studenta na přednáškách.
Skóre v závěrečném testu nad 50%.
Poslední úprava: Lipov Jan doc. Ing. Ph.D. (02.05.2018)
