PředmětyPředměty(verze: 853)
Předmět, akademický rok 2019/2020
  
Molecular Modelling - AM402014
Anglický název: Molecular Modelling
Zajišťuje: Ústav analytické chemie (402)
Platnost: od 2019
Semestr: zimní
Body: zimní s.:4
E-Kredity: zimní s.:4
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:1/2 Zk [hodiny/týden]
Počet míst: neurčen / neurčen (neurčen)
Minimální obsazenost: neomezen
Jazyk výuky: angličtina
Způsob výuky: prezenční
Úroveň:  
Pro druh: navazující magisterské
Garant: Bouř Petr prof. RNDr. CSc.
Záměnnost : M402014, N402037
Je záměnnost pro: M402014
Anotace -
Poslední úprava: Kubová Petra Ing. (24.04.2018)
Student se seznámí se základy kvantové mechaniky, molekulové mechaniky, a výpočetních postupů v chemii. Důraz je kladen na spektroskopické metody, jako vibrační a NMR spektroskopie. Přednáška je doplněná cvičením na počítačích.
Výstupy studia předmětu -
Poslední úprava: Kubová Petra Ing. (24.04.2018)

Studenti budou umět:

Po absolvování by studenti měli rozumět tomu, jak fungují kvantově-chemické a molekulárně-dynamické programy. Získají základní znalosti k práci s počítačem, operačním systémem linux, a programem Gaussian.

Literatura -
Poslední úprava: Bouř Petr prof. RNDr. CSc. (27.05.2019)

Z: P. Bouř, Základy kvantových výpočtů molekul 1997-2018 http://hanicka.uochb.cas.cz/~bour/prednaska/skripta.pdf

Z: manual www.gaussian.com

D: A. Szabo, N. S. Ostlund: Modern Quantum Chemistry: Introduction to Advanced Electronic Structure Theory, McGraw-Hill Publishing Company, New York, 1989 (ISBN 0-486-69186-1 or other reprints)

D: P. W. Atkins, R. S. Friedman, Molecular Quantum Mechanics, Oxford University Press, Oxford, 2005 (ISBN 0-19-927498-3 or other reprints)

D: I. N. Levine, Quantum Chemistry, Prentice-Hall, Upper Saddle River, 2000 (ISBN 0-19-927498-3)

Studijní opory -
Poslední úprava: Kubová Petra Ing. (24.04.2018)

manual www.gaussian.com

Sylabus -
Poslední úprava: Kubová Petra Ing. (24.04.2018)

1. Koncepce molekulárního modelování

2. Numerické řešení Schroedingerovy rovnice

3. Základní pojmy kvantového popisu

4. Predikce vlastností molekul

5. Úvod do výpočetní kvantové mechaniky

6. Pokročilé ab initio metody

7. Empirické modely silového pole

8. Minimalizace energie a příbuzné metody

9. Konformační analýza

10. Simulace spektrálních vlastností

11. Predikce struktury proteinů, sekvenční analýza a skládání proteinů

12. Modelování monomolekulárních vrstev

13. Volná energie, solvatace, reakce a defekty pevného stavu v molekulárních modelech

14. Užití molekulárního modelování a chemické informace při navrhování nových struktur

Vstupní požadavky -
Poslední úprava: Kubová Petra Ing. (24.04.2018)

Základy matematiky a fyziky

Hodnocení studenta
Forma Váha
Zkouškový test 100

 
VŠCHT Praha