PředmětyPředměty(verze: 853)
Předmět, akademický rok 2019/2020
  
Molekulární modelování - M402014
Anglický název: Molecular Modelling
Zajišťuje: Ústav analytické chemie (402)
Platnost: od 2019
Semestr: zimní
Body: zimní s.:4
E-Kredity: zimní s.:4
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:1/2 Zk [hodiny/týden]
Počet míst: neomezen / neomezen (neurčen)
Minimální obsazenost: neomezen
Jazyk výuky: čeština
Způsob výuky: prezenční
Úroveň:  
Pro druh: navazující magisterské
Další informace: http://hanicka.uochb.cas.cz/~bour/prednaska/skripta.pdf
Poznámka: předmět je možno zapsat mimo plán
povolen pro zápis po webu
Garant: Bouř Petr prof. RNDr. CSc.
Záměnnost : AM402014, N402037
Anotace -
Poslední úprava: Pátková Vlasta (05.01.2018)
Student se seznámí se základy kvantové mechaniky, molekulové mechaniky, a výpočetních postupů v chemii. Důraz je kladen na spektroskopické metody, jako vibrační a NMR spektroskopie. Přednáška je doplněná cvičením na počítačích.
Výstupy studia předmětu -
Poslední úprava: Pátková Vlasta (05.01.2018)

Studenti budou umět:

Po absolvování by studenti měli rozumět tomu, jak fungují kvantově-chemické a molekulárně-dynamické programy. Získají základní znalosti k práci s počítačem, operačním systémem linux, a programem Gaussian.

Literatura -
Poslední úprava: Pátková Vlasta (05.01.2018)

Z: P. Bouř, Základy kvantových výpočtů molekul http://hanicka.uochb.cas.cz/~bour/prednaska/skripta.pdf

Z: manual www.gaussian.com

D: A. Szabo, N. S. Ostlund: Modern Quantum Chemistry: Introduction to Advanced Electronic Structure Theory

D: P. W. Atkins, R. S. Friedman, Molecular Quantum Mechanics

Studijní opory -
Poslední úprava: Pátková Vlasta (05.01.2018)

manual www.gaussian.com

Sylabus -
Poslední úprava: Pátková Vlasta (05.01.2018)

1. Koncepce molekulárního modelování

2. Numerické řešení Schroedingerovy rovnice

3. Základní pojmy kvantového popisu

4. Predikce vlastností molekul

5. Úvod do výpočetní kvantové mechaniky

6. Pokročilé ab initio metody

7. Empirické modely silového pole

8. Minimalizace energie a příbuzné metody

9. Konformační analýza

10. Simulace spektrálních vlastností

11. Predikce struktury proteinů, sekvenční analýza a skládání proteinů

12. Modelování monomolekulárních vrstev

13. Volná energie, solvatace, reakce a defekty pevného stavu v molekulárních modelech

14. Užití molekulárního modelování a chemické informace při navrhování nových struktur

Vstupní požadavky -
Poslední úprava: Pátková Vlasta (05.01.2018)

Základy matematiky a fyziky

Studijní prerekvizity -
Poslední úprava: Pátková Vlasta (05.01.2018)

Základy matematiky a fyziky

Zátěž studenta
Činnost Kredity Hodiny
Účast na přednáškách 0,5 14
Příprava na přednášky, semináře, laboratoře, exkurzi nebo praxi 1 28
Příprava na zkoušku a její absolvování 1,5 42
Účast na seminářích 1 28
4 / 4 112 / 112
Hodnocení studenta
Forma Váha
Aktivní účast na výuce 15
Zkouškový test 85

 
VŠCHT Praha