Předmět nabízí úvod do molekulárního modelování se zaměřením na počítačové simulace struktury a dynamiky biomolekul. Studenti se seznámí s principy molekulové mechaniky a dynamiky, zařazen je rovněž úvod do statistické mechaniky. Pokročilejší část kursu představují metody výpočtu volné energie. Teoretická část je doplněna praktickým cvičením na počítači.

D. Frenkel, B. Smit: Understanding molecular simulation. Academic press, druhé vydání (2002) nebo novější

S. Neidle: Principles of nucleic acid structure. Academic press 2008

1. Molekulová mechanika

2. Molekulová dynamika

3. Úvod do statistické mechaniky

4. Metody volné energie