|
|
|
||
Poslední úprava: Hladíková Jana (13.12.2017)
|
|
||
Poslední úprava: Hladíková Jana (13.12.2017)
Studenti budou umět: Využívat volně přístupné bioinformatické nástroje a databáze nukleových kyselin a proteinů. Samostatně navrhnout strategii analýzy sekvencí a kriticky zhodnotit výsledky získané in silico a navrhnout cesty experimentálního potvrzení správnosti predikcí in silico. S využitím výsledků analýz nukleotidových a proteinových sekvencí navrhnout schůdné řešení molekulárně-biologického experimentu. |
|
||
Poslední úprava: Šantrůček Jiří Ing. Ph.D. (23.01.2018)
Z: Cvrčková F., Úvod do praktické bioinformatiky, Academia, 2006, ISBN 80-200-1360-1 D: Twyman R., Principles of Proteomics, Garland Science, 2013, ISBN 978-0815344728 D: Green M.R., Sambrook J., Molecular Cloning: A Laboratory Manual (4th ed.), Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2012, ISBN 1936113422
|
|
||
Poslední úprava: Šantrůček Jiří Ing. Ph.D. (23.01.2018)
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ https://www.ebi.ac.uk/services https://www.expasy.org/ https://www.uniprot.org/ https://omictools.com/ |
|
||
Poslední úprava: Šantrůček Jiří Ing. Ph.D. (23.01.2018)
1. Bioinformatika, platformy pro získávání informací a vzájemná propojení databází. 2. Databáze a programy pro analýzy sekvencí nukleových kyselin. 3. Predikce funkce genu, promotoru a regulačních elementů. 4. Návrh a praktické aspekty provedení PCR. 5. Centrální dogma naruby - strategie izolace kódující sekvence. 6. Praktické aspekty a volba metod analýzy DNA a DNA vazebných proteinů. 7. Praktické aspekty a volba metod analýzy RNA a porovnání hladin transkriptů genů. 8. Proteomické servery a databáze. Nástroje pro porovnání sekvencí proteinů. 9. Předpověď modifikací proteinů in silico a experimentální ověření predikce. 10. Sekundární struktura a hydrofobní profil proteinu. Predikce a experimentální ověření. 11. Kvartérní struktura proteinu a oligomerizační stav. Predikce a experimentální ověření. 12. Membránové proteiny. Určení topologie proteinu v biologické membráně, povrchové vlastnosti proteinů a detergentů. 13. Nativní stav proteinu. Lokalizace a interakce proteinů v buňce. 14. Genové ontologie. Zpracování dat z proteomických experimentů. |
|
||
Poslední úprava: Hladíková Jana (13.12.2017)
Molekulární biologie, Genové inženýrství |
|
||
Poslední úprava: Šantrůček Jiří Ing. Ph.D. (23.01.2018)
Předmět je ukončen vypracováním individuálního projektu a jeho obhajobou. |
Zátěž studenta | ||||
Činnost | Kredity | Hodiny | ||
Konzultace s vyučujícími | 0.2 | 6 | ||
Obhajoba individuálního projektu | 0.1 | 2 | ||
Práce na individuálním projektu | 0.7 | 20 | ||
Účast na seminářích | 1 | 28 | ||
2 / 2 | 56 / 56 |