PředmětyPředměty(verze: 853)
Předmět, akademický rok 2019/2020
  
Odborný projekt Chemie přírodních látek - M342019
Anglický název: Chemistry of Natural Compounds: Specialised Project
Zajišťuje: Ústav chemie přírodních látek (342)
Platnost: od 2019
Semestr: zimní
Body: zimní s.:2
E-Kredity: zimní s.:2
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:0/3 KZ [hodiny/týden]
Počet míst: neurčen / neomezen (neurčen)
Minimální obsazenost: neomezen
Jazyk výuky: čeština
Způsob výuky: prezenční
Úroveň:  
Pro druh: navazující magisterské
Poznámka: předmět je možno zapsat mimo plán
povolen pro zápis po webu
Garant: Raich Ivan doc. Dr. Ing.
Záměnnost : N342008
Anotace -
Poslední úprava: Raich Ivan doc. Dr. Ing. (01.03.2018)
Předmět v úvodu seznamuje s pokročilými funkcemi v programech MS Word, MS Excel a EndNote při vytváření dlouhých odborných dokumentů, při zpracování rozsáhlých tabulkových dat a optimalizacích a při práci s bibliografickými citacemi a zpracování rešerší. Především však seznamuje se základy molekulárního modelování, konstrukcí a úpravou 3D struktury molekul a výpočty a zobrazením nejrůznějších molekulových vlastností. V rámci samostatného projektu studenti zpracovávají a odevzdávají literární rešerši na téma zadané školitelem DP.
Výstupy studia předmětu -
Poslední úprava: Raich Ivan doc. Dr. Ing. (01.03.2018)

Studenti budou umět:

Používat MS Word při psaní a úpravě dlouhých odborných dokumentů

Používat MS Excel při zpracování velmi rozsáhlých dat a optimalizacích

Konstruovat a prohlížet 3D modely nejrůznějších látek včetně biopolymerů

Provádět geometrické optimalizace, molekulovou dynamiku a další výpočty

Kriticky hodnotit výstupy z molekulového modelování v literatuře

Samostatně zpracovávat rozsáhlou literární rešerši a spravovat bibliografické citace v programu EndNote

Literatura -
Poslední úprava: MORAVCOJ (01.03.2018)

Z: Young D. C.: Computational Chemistry, John Wiley & Sons, Inc., 2002, 0471220655

D: Caffery M. L., Dobosh P. A., Richardson D. M.: Laboratory Excercises Using HyperChem, HyperCube, Inc., 1998, 1-896164-30-7

Vlastní rešerše na zadané téma

Studijní opory -
Poslední úprava: MORAVCOJ (01.03.2018)

Raich I.: Průvodci k některým úlohám z molekulového modelování, dostupné na webových stránkách ústavu

Sylabus -
Poslední úprava: Raich Ivan doc. Dr. Ing. (01.03.2018)

1. MS Word pro práci s dlouhými odbornými dokumenty, formátování znaků, odstavců, styly, šablony

2. Jazyková kontrola, vlastní slovníky, tabulátory, tabulky, tok textu, dělení slov, zalamování řádek a stránek

3. Číslování nadpisů, literatury, tabulek, schémat, rovnic

4. Absolutní a relativní adresování v Excelu, kontingenční tabulky a grafy

5. Optimalizace a řešitel v Excelu, maticové vzorce

6. Práce s programem EndNote, struktura knihoven

7. Úprava stylů a filtrů v EndNote, import a export citací, spolupráce s MS Wordem

8. Základy molekulárního modelování, zobrazení struktur, rendering, zobrazení a editace strukturních parametrů

9. Zobrazení proteinů a dalších biopolymerů, rendering a abstrakce při jejich zobrazení

10. Konstrukce molekul, specifikace stereochemie, geometrické optimalizace a problém lokálních minim

11. Editace strukturních parametrů, konformační změny, geometrické optimalizace se strukturními omezeními

12. Molekulová dynamika, Monte Carlo, simulované žíhání, periodický box a jeho konstrukce

13. Výpočty nábojů a orbitalů, HOMO, LUMO, predikce výsledků cykloadičních reakcí

14. Výpočty spektrálních a dalších vlastností

Studijní prerekvizity -
Poslední úprava: Kubová Petra Ing. (29.01.2018)

Aplikace výpočetní techniky (Výpočetní technika)

Chemická informatika (Chemoinformatika)

Podmínky zakončení předmětu
Poslední úprava: MORAVCOJ (01.03.2018)

Odevzdání projektu se seznamem původní literatury vyhledané v databázích v požadovaném formátu zpracovaném v softwaru EndNote na téma zadané budoucím vedoucím DP. Diskuze a obhajoba projektu.

Hodnocení studenta
Forma Váha
Aktivní účast na výuce 40
Obhajoba individuálního projektu 20
Protokoly z individuálních projektů 40

 
VŠCHT Praha