PředmětyPředměty(verze: 879)
Předmět, akademický rok 2020/2021
  
Základy bioinformatiky - N143030A
Anglický název: Essential Bioinformatics
Zajišťuje: Ústav informatiky a chemie (143)
Platnost: od 2020
Semestr: zimní
Body: zimní s.:5
E-Kredity: zimní s.:5
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:2/2 Z+Zk [hodiny/týden]
Počet míst: neurčen / neurčen (neurčen)
Minimální obsazenost: neomezen
Jazyk výuky: čeština
Způsob výuky: prezenční
Úroveň:  
Je zajišťováno předmětem: B143002
Pro druh:  
Poznámka: předmět je možno zapsat mimo plán
povolen pro zápis po webu
Garant: Svozil Daniel doc. Mgr. Ph.D.
Spiwok Vojtěch doc. Ing. Ph.D.
Z//Je záměnnost pro: B143002
Anotace
Poslední úprava: Šmídová Ludmila (18.05.2011)
Cílem předmětu je seznámit posluchače s problematikou bioinformatiky, jejími cíli a postupy.
Literatura -
Poslední úprava: Šmídová Ludmila (18.05.2011)

F. Cvrčková, Úvod do praktické bioinformatiky, Academia Praha 2006, ISBN 8020013601

J. Xiong, Essential Bioinformatics, Cambridge University Press 2006, ISBN 0521600820

J.-M. Claverie, C. Notredame, Bioinformatics For Dummies, For Dummies 2006, ISBN 0470089857

M. Zvelebil, J. Baum, Understanding Bioinformatics, Garland Science 2007, ISBN 0815340249

Požadavky ke kontrole studia
Poslední úprava: Šmídová Ludmila (18.05.2011)

K zápočtu a ke zkoušce bude požadováno:

1. Test v polovině semestru

2. Písemná zkouška

Sylabus -
Poslední úprava: ROZ143 (08.02.2012)

Biologické základy I - Centrální dogma molekulární biologie, úvod do buněčné biologie - mitóza a meióza

Biologické základy II - Klasická genetika, úvod do evoluční biologie

Úvod do genomiky, sekvenování genomu

Přiřazení sekvencí I - Párové přiřazení, prohledávání sekvenčních databází (BLAST)

Přiřazení sekvencí II - mnohočetné přiřazení, profily a skryté Markovovy modely

Vlastnosti genomu I - Detekce genů, anotace genomu

Vlastnosti genomu II - Predikce promoterů a regulačních elementů

Evoluční procesy - Fylogenetické stromy

Strukturní bioinformatika I - Struktura DNA, RNA a proteinů

Strukturní bioinformatika II - Predikce struktury proteinů

Strukturní bioinformatika III - Predikce struktury nukleových kyselin

Analýza genové exprese

Forenzní analýza DNA

 
VŠCHT Praha