PředmětyPředměty(verze: 877)
Předmět, akademický rok 2020/2021
  
Pokročilá strukturní bioinformatika - P143005
Anglický název: Advanced structural bioinformatics
Zajišťuje: Ústav informatiky a chemie (143)
Platnost: od 2019
Semestr: zimní
Body: zimní s.:0
E-Kredity: zimní s.:0
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:3/0 Jiné [hodiny/týden]
Počet míst: neomezen / neurčen (neurčen)
Minimální obsazenost: neomezen
Jazyk výuky: čeština
Způsob výuky: prezenční
Úroveň:  
Pro druh: doktorské
Poznámka: student může plnit i v dalších letech
Garant: Lankaš Filip doc.Ing. Ph.D.
Spiwok Vojtěch doc. Ing. Ph.D.
Vondrášek Jiří RNDr. CSc.
Z//Je záměnnost pro: AP143005
Anotace -
Poslední úprava: Svozil Daniel doc. Mgr. Ph.D. (23.05.2018)
Přednáška se zaměřuje na vybraná pokročilá témata strukturní bioinformatiky. Pozornost je nejprve věnována interakcím mezi proteiny a proteinů s nukleovými kyselinami. Jsou uvedeny metody výpočtu Gibbsovy energie těchto interakcí, dokovací algoritmy a softwarové nástroje včetně webových rozhraní. Následuje výklad o výpočetní proteomice, interakčních sítích proteinů, indukovaném přizpůsobení a ab initio metodách návrhu proteinů a peptidů. Tematika nukleových kyselin je zastoupena rozborem sekvenčně závislých vlastností DNA, jakož i predikcí sekundární a terciální struktury RNA. V závěru je pojednáno o integrativní strukturní bioinformatice, kombinující experimentální a výpočetní přístupy. Případové studie představí vybrané problémy podle aktuální časopisecké literatury.
Výstupy studia předmětu -
Poslední úprava: Svozil Daniel doc. Mgr. Ph.D. (23.05.2018)

Studenti budou umět:

  • Osvojí si pokročilejší poznatky o výpočtu interakcí mezi biomolekulami a analýze jejich sítí
  • Získají přehled o metodách návrhu proteinů a peptidů a o indukovaném přizpůsobení
  • Pochopí základní problematiku sekvenčně závislých vlastností DNA a predikce struktur RNA
  • Seznámí se s použitím strukturní bioinformatiky v aktuální vědecké praxi

Literatura -
Poslední úprava: Svozil Daniel doc. Mgr. Ph.D. (23.05.2018)

Z: F. J. Burkowski, Structural bioinformatics, an algorithmic approach. CRC Press 2009

D: J. Gu and P. E. Bourne, eds., Structural bioinformatics, 2nd ed. Wiley-Blackwell 2009

Studijní opory -
Poslední úprava: Svozil Daniel doc. Mgr. Ph.D. (23.05.2018)

Online materiály k přednášce

Sylabus -
Poslední úprava: Svozil Daniel doc. Mgr. Ph.D. (16.06.2018)

1. Interakce mezi proteiny a proteinů s nukleovými kyselinami

2. Metody určeni Gibbsovy volné energie pro interakce biomolekul

3. Dokovací algoritmy pro interakce protein-protein a protein-DNA

4. Programy, výpočetni servery a webová rozhraní pro predikci interakce biomolekul

5. Protein Structure Initiative a výpočetní proteomika

6. Interactome a konstrukce interakčních sítí proteinů

7. Předpověď indukovaného přizpůsobení

8. Design proteinů a docking peptidů pomocí ab initio metod

9. Sekvenčně závislé strukturní vlastnosti DNA a jejich funkční role

10. Predikce sekundární struktury RNA

11. Modelování prostorové struktury RNA

12. Integrativní strukturní bioinformatika – kombinace experimentálních dat s výpočetními postupy

13.–14. Případové studie

Studijní prerekvizity -
Poslední úprava: Svozil Daniel doc. Mgr. Ph.D. (23.05.2018)

Matematika, fyzikální chemie, programování a algoritmizace, biochemie nebo molekulární biologie v rozsahu základních kursů

Podmínky zakončení předmětu -
Poslední úprava: Svozil Daniel doc. Mgr. Ph.D. (23.05.2018)

Ústní zkouška

 
VŠCHT Praha