PředmětyPředměty(verze: 853)
Předmět, akademický rok 2019/2020
  
Pokročilé zobrazovací techniky - P320007
Anglický název: Advanced imaging techniques
Zajišťuje: Ústav biochemie a mikrobiologie (320)
Platnost: od 2019
Semestr: oba
Body: 0
E-Kredity: 0
Způsob provedení zkoušky:
Rozsah, examinace: 3/0 Jiné [hodiny/týden]
Počet míst: zimní:neurčen / neurčen (neurčen)
letní:neurčen / neurčen (neurčen)
Minimální obsazenost: neomezen
Jazyk výuky: čeština
Způsob výuky: prezenční
Úroveň:  
Pro druh: doktorské
Poznámka: předmět lze zapsat v ZS i LS
Garant: Lipov Jan Ing. Ph.D.
Zelenka Jaroslav Ing. Ph.D.
Je záměnnost pro: AP320007
Anotace -
Poslední úprava: Lipov Jan Ing. Ph.D. (02.05.2018)
Mikroskopie umožňuje efektivní a unikátní přístup při studiu fixovaných preparátů i živých buněk s vysokou specifitou a citlivostí. Předmět si klade za cíl seznámit doktorandy s moderními mikroskopickými technikami pro zobrazování biologických objektů. Součástí workshopu bude seznámení s automatizovanou wide-field, konfokální i vysokorozlišovací fluorescenční mikroskopií. Budou objasněny fyzikální mechanismy a následně teoretické a/nebo praktické základy jednotlivých moderních mikroskopických technik. Budou probrány rovněž základy analýzy obrazu.
Výstupy studia předmětu -
Poslední úprava: Lipov Jan Ing. Ph.D. (02.05.2018)

Student se seznámí s moderními poznatky a metodikou v pokročilé mikroskopii biologických objektů, získá přehled o základech použitelných technik, což mu umožní kvalifikované rozhodnutí, kterou z nich zvolit při vědeckovýzkumné činnosti.

Literatura -
Poslední úprava: Lipov Jan Ing. Ph.D. (19.10.2018)

Vědecké práce a online knihy z portfolia Nature Research, AAAS a dalších.

Reviews in Fluorescence, Geddes, Chris D., Lakowicz, Joseph R., Springer, ISSN: 1573-8086

Fluorescence Imaging and Biological Quantification, Raquel Seruca, Jasjit S. Suri, J. Miquel Sanches, CRC Press, ISBN: 9781498737043

Fluorescence Microscopy: From Principles to Biological Applications, 2nd Edition,Ulrich Kubitscheck, Wiley-Blackwell, ISBN: 978-3-527-33837-5

Advanced Fluorescence Microscopy Methods and Protocols, Verveer, Peter J., Springer, ISBN: 978-1-4939-2080-8

Super-resolution microscopy collection, Nature

webové stránky výrobců mikroskopů (Zeiss, Leica, Olympus, Nikon), např.

http://zeiss-campus.magnet.fsu.edu/tutorials/

https://www.microscopyu.com/tutorials

Metody výuky -
Poslední úprava: Lipov Jan Ing. Ph.D. (02.05.2018)

Přednášky, odborná rozprava, samostudium, exkurse.

Sylabus -
Poslední úprava: Lipov Jan Ing. Ph.D. (09.07.2018)

Fluorescenční mikroskopie jako specifická část optické mikroskopie, kvantifikace fluorescence, používané fluorescenční značky.

Konfokální, multifotonová a korelační mikroskopie.

Aplikace fluorescenční mikroskopie - FRAP (Fluorescence Recovery After Photobleaching), FRET (Förster Resonance Energy Transfer)

Aplikace fluorescenční mikroskopie - TIRF (Total Internal Reflection Fluorescence), SIM (Structured Illumination Microscopy)

Aplikace fluorescenční mikroskopie - PALM (PhotoActivated Localization Microscopy), STORM (Stochastic Optical Reconstruction Microscopy)

Aplikace fluorescenční mikroskopie - STED (Stimulated Emission Depletion microscopy), FLIM (Fluorescence-Lifetime Imaging Microscopy)

Analýza obrazu – úprava parametrů obrazu před snímáním, sofware pro zpracování a analýzu - dekonvoluce, 3D vizualizace, kolokalizace, tracking, korekce chromatických aberací.

Vstupní požadavky -
Poslední úprava: Lipov Jan Ing. Ph.D. (02.05.2018)

Základní znalosti optiky a mikroskopických technik.

Podmínky zakončení předmětu -
Poslední úprava: Lipov Jan Ing. Ph.D. (02.05.2018)

Aktivní účast studenta na přednáškách.

Skóre v závěrečném testu nad 50%.

Hodnocení studenta
Forma Váha
Aktivní účast na výuce 40
Obhajoba individuálního projektu 10
Zkouškový test 50

 
VŠCHT Praha