Poslední úprava: Matějka Pavel prof. Dr. RNDr. (16.06.2019)
Předmět pokrývá pokročilé metody molekulových i hrubozrnných počítačových simulací s aplikacemi v biologii, termodynamice roztoků i v teorii fázových přechodů. Výběr aplikací bude uzpůsoben aktuální skupině doktorandů.
Poslední úprava: Matějka Pavel prof. Dr. RNDr. (16.06.2019)
The course covers advanced methods of molecular and coarse-grained computer simulations with applications in biology, thermodynamics of solutions, and theory of phase transitions. The selection of applications will be tailored to the group of Ph.D. students.
Výstupy studia předmětu -
Poslední úprava: Kolafa Jiří prof. RNDr. CSc. (28.05.2018)
Posluchači se budou orientovat v moderních MC a MD simulačních metodách molekulových systémů.
Poslední úprava: Kolafa Jiří prof. RNDr. CSc. (28.05.2018)
Student will receive an overview of modern MC and MD simulation methods of molecular systems.
Literatura -
Poslední úprava: Heyda Jan RNDr. Mgr. Ph.D. (06.09.2019)
K. Binder a D. Heermann: Monte Carlo Simulation in Statistical Physics: An Introduction (Springer International, 6th Edition, 2019);
Ch. Chipot a A. Pohorille: Free Energy Calculations Theory and Applications in Chemistry and Biology (Springer-Verlag 2007);
D. Frenkel a B. Smit: Understanding Molecular Simulation (Academic Press, 1996, 2002);
M.P. Allen a D.J. Tildesley: Computer Simulation of Liquids (Clarendon Press, Oxford 1986, 2002);
U.R. Pedersen: Direct calculation of the solid-liquid Gibbs free energy difference in a single equilibrium simulation, J. Chem. Phys. 139, 104102 (2013);
J.R. Espinosa, C. Vega, E. Sanz: The mold integration method for the calculation of the crystal-fluid interfacial free energy from simulations, J. Chem. Phys. 141, 134709 (2014);
M. Dinpajooh, P. Bai, D.A. Allan, J.I. Siepmann: Accurate and precise determination of critical properties from Gibbs ensemble Monte Carlo simulations, J. Chem. Phys. 143, 114113 (2015);
vybrané články
Poslední úprava: Heyda Jan RNDr. Mgr. Ph.D. (06.09.2019)
K. Binder and D. Heermann: Monte Carlo Simulation in Statistical Physics: An Introduction (Springer International, 6th Edition, 2019);
Ch. Chipot and A. Pohorille: Free Energy Calculations Theory and Applications in Chemistry and Biology (Springer-Verlag 2007);
D. Frenkel and B. Smit: Understanding Molecular Simulation (Academic Press, 1996, 2002);
M.P. Allen and D.J. Tildesley: Computer Simulation of Liquids (Clarendon Press, Oxford 1986, 2002);
U.R. Pedersen: Direct calculation of the solid-liquid Gibbs free energy difference in a single equilibrium simulation, J. Chem. Phys. 139, 104102 (2013);
J.R. Espinosa, C. Vega, E. Sanz: The mold integration method for the calculation of the crystal-fluid interfacial free energy from simulations, J. Chem. Phys. 141, 134709 (2014);
M. Dinpajooh, P. Bai, D.A. Allan, and J.I. Siepmann: Accurate and precise determination of critical properties from Gibbs ensemble Monte Carlo simulations, J. Chem. Phys. 143, 114113 (2015);
and selected articles
Studijní opory -
Poslední úprava: Heyda Jan RNDr. Mgr. Ph.D. (29.05.2018)