PředmětyPředměty(verze: 855)
Předmět, akademický rok 2019/2020
  
Analýza vícerozměrných biomedicínských dat - P445003
Anglický název: Analysis of Multidimensional Biomedical Signals
Zajišťuje: Ústav počítačové a řídicí techniky (445)
Platnost: od 2019
Semestr: oba
Body: 0
E-Kredity: 0
Způsob provedení zkoušky:
Rozsah, examinace: 3/0 Jiné [hodiny/týden]
Počet míst: zimní:neomezen / neurčen (neurčen)
letní:neurčen / neurčen (neurčen)
Minimální obsazenost: neomezen
Jazyk výuky: čeština
Způsob výuky: prezenční
Úroveň:  
Pro druh: doktorské
Poznámka: předmět je určen pouze pro doktorandy
student může plnit i v dalších letech
předmět lze zapsat v ZS i LS
Garant: Mareš Jan doc. Ing. Ph.D.
Vyšata Oldřich MUDr. Ph.D.
Záměnnost : D445022
Je záměnnost pro: AP445003
Anotace -
Poslední úprava: Mareš Jan doc. Ing. Ph.D. (03.10.2018)
Předmět bude seznamovat s moderními metodami zpracování dat v biomedicínských a medicínských oblastech (EEG, CT, ...). Student bude řešit vybrané případové studie včetně praktických reálných aplikací. Ke zkoušce je nutné předložit (rozpracovanou) publikaci z odborné oblasti disertační práce související s počítačovým zpracováním dat
Výstupy studia předmětu -
Poslední úprava: Kubová Petra Ing. (12.04.2018)

Studenti budou po absolvování předmětu umět modelovat pokročilé biologické procesy na úrovni jednotlivých buněk, interakcí skupin buněk, orgánů a celého organismu. K modelování biologických procesů v prostoru a čase budou schopní zpracovávat 1D, 2D a 3D signály. Budou schopni připravovat samostatně experimenty na zařízení Vernier (ke snímání teploty, tlaku, EKG, ventilačních parametrů a svalové aktivity) a Walter (ke snímání zrakových a kognitivních evokovaných potenciálů a EEG).

Literatura -
Poslední úprava: Mareš Jan doc. Ing. Ph.D. (01.10.2018)

Z: K. Narjarian, A. Splinter: Biomedical Signal and Image Processing, 2nd edition, Taylor and Francis, CRC, 2012. ISBN: 978-1-4398-7034-1

Z: D. Caramella, C. Bartolozzi, A.L. Baert: 3D Image Processing: Techniques and Clinical Applications. Springer Verlag. 2002 ISBN: 978-3642639777

D: Rafael C. Gonzalez and Steven L. Eddins: Digital Image Processing Using MATLAB, 2nd ed. Dorling Kindersley Pvt Ltd. 2006. ISBN: 978-8177588989

D: S.M. Dunn, A. Constantinides, P.V. Moghe: Numerical Methods in Biomedical Engineering. Academic Press. 2006. ISBN: 978-0121860318

Studijní opory -
Poslední úprava: Kubová Petra Ing. (12.04.2018)

www.honeywellprocess.com/

www.mathworks.com/

www.ni.com/

Metody výuky -
Poslední úprava: Mareš Jan doc. Ing. Ph.D. (07.06.2018)

přednášky, příprava projektu a řešení případových studií

Sylabus -
Poslední úprava: Mareš Jan doc. Ing. Ph.D. (17.09.2019)

1. Pokročilé metody zpracování CT snímků

2. Metody analýzy snímků magnetické rezonance

3. Analýza EEG dat

4. Přehled metod modelování biologických signálů, modelování řízení biologických systémů

5. Pokročilé zobrazování signálů v časové a frekvenční oblasti, fázový portrét, Poincarého řezy, rekurentní zobrazení, typy signálů

6. Chaos a dynamická analýza chemických, biochemických a biologických signálů

7. Formáty chemických, biochemických a biologických dat

8. Případová studie: Analytický a po částech lineární model EKG, odhad parametrů normálního a patologického EKG. Komprese a přenos EKG

9. Modelování elektrické aktivity neuronu. Modelování reakce zástavy a rebound fenoménu, modelování sledování rytmu při fotostimulaci pomocí sítě chaotických neuronových oscilátorů. Modelování samoorganizace chaotických neuronových oscilátorů, modelování změn EEG při demenci

10. Modelování synchronizace v EEG, odhady globální synchronizace, anticipované synchronizace a synchronizace se zpožděním, fázové synchronizace.

11. Detekce, separace, lokalizace, klasifikace a modelování evokovaných potenciálů a sumačních akčních svalových potenciálů. Pronyho metoda

12. Kódování informace ve zrakovém a sluchovém analyzátoru, modelování komunikace v biomedicínských objektech, Grangerova kauzalita, spektrální Grangerova kauzalita, parciální směrová koherence, směrová přenosová funkce a kortikomuskulární koherence

13. Biostatistika, nejčastější chyby při testování hypotéz v chemických, biochemických a biologických studiích, statistické parametrické mapování a Bonferroniho korekce

14. Pokročilé metody modelování v biologii.

Vstupní požadavky -
Poslední úprava: Mareš Jan doc. Ing. Ph.D. (07.06.2018)

nejsou

Studijní prerekvizity -
Poslední úprava: Mareš Jan doc. Ing. Ph.D. (07.06.2018)

Nejsou

Podmínky zakončení předmětu -
Poslední úprava: Mareš Jan doc. Ing. Ph.D. (28.05.2018)

Vypracování a obhajoba tří samostatných projektů: 0 - 25 bodů

Ústní zkouška: 0-75 bodů

Celkové bodové hodnocení: 100-90 A, 89-80 B, 79-70 C, 69-60 D, 59-50 E, méně než 50 F.

Hodnocení studenta
Forma Váha
Obhajoba individuálního projektu 30
Ústní zkouška 70

 
VŠCHT Praha