Studenti budou umět:

Používat běžně dostupné nástroje k řešení základních bioinformatických problémů.

Rozumět principu nejdůležitějších programátorských postupů používaných v bioinformatice.

Vyřešit základní bioinformatické problémy pomocí programovacího jazyka Python.

Students will be able to:

Use existing bioinformatics tools for their own work.

Understand the principles of the most important bioinformatics challenges.

Solve basic bioinformatics problems using Python programming language.

Studenti získají klasifikovaný zápočet za vyřešení domácích úkolů.

Students will be graded by the work done on home exercises.

Z: Mareš, Martin; Valla, Tomáš: "Průvodce labyrintem algoritmů". CZ.NIC, 2017. ISBN 978-80-88168-22-5

Z: Pilgrim, Mark: "Ponořme se do Python(u) 3". CZ.NIC, 2011. ISBN 978-80-904248-2-1

Z: Zvárová J., Biomedicínská informatika V.- Metody molekulární biologie a bioinformatiky, Karolinum, 2013, ISBN: 9788024621500

Z: Jones, Neil C.; Pevzner, Pavel A.: "An Introduction to Bioinformatics Algorithms". The MIT Press, 2004. ISBN 978-0262101066

D: Wróblewski, Piotr: "Algoritmy". Computer Press, 2017. ISBN 978-80-251-4126

D: Libeskind-Hadas, Ran; Bush, Eliot: "Computing for Biologists: Python Programming and Principles". Cambridge University Press, 2014. ISBN 978-1107642188

D: Antao, Tiago: "Bioinformatics with Python Cookbook". Packt Publishing, 2015. ISBN 978-1782175117

D: Bassi, Sebastian: "Python for Bioinformatics". Chapman and Hall/CRC, 2009. ISBN 978-1584889298

D: Compeau, Phillip; Pevzner, Pavel: "Bioinformatics Algorithms: An Active Learning Approach". Active Learning Publishers, 2014. ISBN 978-0990374602

D: Stevens, Tim J.; Boucher, Wayne: "Python Programming for Biology: Bioinformatics and Beyond". Cambridge University Press, 2015. ISBN 978-0521720090

D: Haddock, Steven H.D.; Dunn, Casey W.: "Practical Computing for Biologists". Sinauer Associates, 2010. ISBN 978-0878933914

R: Mareš, Martin; Valla, Tomáš: "Průvodce labyrintem algoritmů". CZ.NIC, 2017. ISBN 978-80-88168-22-5

R: Pilgrim, Mark: "Ponořme se do Python(u) 3". CZ.NIC, 2011. ISBN 978-80-904248-2-1

R: Jones, Neil C.; Pevzner, Pavel A.: "An Introduction to Bioinformatics Algorithms". The MIT Press, 2004. ISBN 978-0262101066

R: Libeskind-Hadas, Ran; Bush, Eliot: "Computing for Biologists: Python Programming and Principles". Cambridge University Press, 2014. ISBN 978-1107642188

A: Antao, Tiago: "Bioinformatics with Python Cookbook". Packt Publishing, 2015. ISBN 978-1782175117

A: Wróblewski, Piotr: "Algoritmy". Computer Press, 2017. ISBN 978-80-251-4126

A: Bassi, Sebastian: "Python for Bioinformatics". Chapman and Hall/CRC, 2009. ISBN 978-1584889298

A: Compeau, Phillip; Pevzner, Pavel: "Bioinformatics Algorithms: An Active Learning Approach". Active Learning Publishers, 2014. ISBN 978-0990374602

A: Stevens, Tim J.; Boucher, Wayne: "Python Programming for Biology: Bioinformatics and Beyond". Cambridge University Press, 2015. ISBN 978-0521720090

A: Haddock, Steven H.D.; Dunn, Casey W.: "Practical Computing for Biologists". Sinauer Associates, 2010. ISBN 978-0878933914

Klasifikovaný zápočet: domácí úkoly

A graded credit: homeworks

1-2. Hlavní bioinformatické formáty.

3-4. Náročnost algoritmů I. Rekurze a memoizace. Dynamické programování.

5-7. Jednoduché zarovnávání sekvencí.

8-9. Vícenásobné zarovnávání sekvencí.

10-12. Markovovy řetězce a modely. Skryté Markovovy modely.

13-14. Vyhledávání vzorů.

1-2. Data formats in bioinformatics.

3-4. Algorithm complexity I. Recursion, memoization. Dynamic programming.

5-7. Sequence alignment.

8-9. Multiple sequence alignment.

10-12. Markov chains and models. Hidden Markov models.

13-14. Motifs discovery and search.

webové stránky předmětu na http://vyuka.ookami.cz

web pages of the course at http://vyuka.ookami.cz

Předpokládá se znalost základů bioinformatiky a programování v jazyce Python.

Basic knowladge of bioinformatics and Python programming is assumed.