PředmětyPředměty(verze: 963)
Předmět, akademický rok 2024/2025
  
Bioinformatické zpracování dat - M320079
Anglický název: Bioinformatic Data Processing
Zajišťuje: Ústav biochemie a mikrobiologie (320)
Fakulta: Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Platnost: od 2023
Semestr: zimní
Body: zimní s.:4
E-Kredity: zimní s.:4
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:1/2, Z+Zk [HT]
Počet míst: neomezen / neomezen (neurčen)
Minimální obsazenost: neomezen
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: čeština
Způsob výuky: prezenční
Způsob výuky: prezenční
Úroveň:  
Poznámka: předmět je možno zapsat mimo plán
povolen pro zápis po webu
Garant: Strejček Michal Ing. Ph.D.
Anotace
Cílem předmětu je seznámit studenty se základy strojového zpracování experimentálních dat menšího až středního rozsahu. Důraz je kladen na zpracování hrubých dat, jejich transformace a export nebo jejich vizualizace.
Poslední úprava: Strejček Michal (21.06.2023)
Výstupy studia předmětu

Studenti si osvojí základy práce v linuxovém prostředí a základy zpracování a vizualizace dat v prostředí R s důrazem na koncept „tidy data“ a systém Tidyverse.

Poslední úprava: Strejček Michal (21.06.2023)
Literatura

Z: R for Data Science: Import, Tidy, Transform, Visualize, and Model Data. Hadley Wickham, Mine Çetinkaya-Rundel, Garrett Grolemund. 2023, 2nd Edition, O'Reilly Media. ISBN 1492097403.

Z: Advanced R. Hadley Wickham. 2019, 2nd Edition, O'Reilly Media. ISBN 0815384572.

Poslední úprava: Lipovová Petra (12.10.2023)
Požadavky ke zkoušce (Forma způsobu ověření studijních výsledků)

Předmět je zakončen vypracováním samostatného projektu

Poslední úprava: Lipovová Petra (09.08.2023)
Sylabus

1. Problematika práce s daty

2.-3. Rstudio IDE, základy jazyka R

4.-6. Tidyverse – transformace dat

7.-9. Tidyverse – vizualizace data

10. Práce s textovými řetězci (Stringr, regulární výrazy)

11.-12. Základy administrace systému Linux

13. Vzdálený přístup a instalace softwarových nástrojů (Anaconda, Pip, GitHub)

14. Konzultace projektu

Poslední úprava: Lipovová Petra (13.07.2023)
 
VŠCHT Praha