PředmětyPředměty(verze: 853)
Předmět, akademický rok 2019/2020
  
Seminář chemického modelování - B342007
Anglický název: Chemical Modelling: Seminar
Zajišťuje: Ústav chemie přírodních látek (342)
Platnost: od 2019
Semestr: zimní
Body: zimní s.:3
E-Kredity: zimní s.:3
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:0/3 KZ [hodiny/týden]
Počet míst: neurčen / neurčen (neurčen)
Minimální obsazenost: neomezen
Jazyk výuky: čeština
Způsob výuky: prezenční
Úroveň:  
Pro druh:  
Poznámka: předmět je možno zapsat mimo plán
povolen pro zápis po webu
Garant: Drašar Pavel prof. RNDr. DSc.
Záměnnost : N342026
Anotace -
Poslední úprava: Fialová Jana (18.12.2017)
Seminář seznamuje studenty se základy molekulového modelování a s tím spojenými předpověďmi základních pozorovatelných veličin, které se strukturou molekul souvisí.
Výstupy studia předmětu -
Poslední úprava: Fialová Jana (18.12.2017)

Studenti budou umět použít chemický software ke znázornění molekul ve dvou a trojrozměrném podání a předpovědět základní pozorovatelné veličiny na základě správně nakreslené struktury.

Literatura -
Poslední úprava: Fialová Jana (18.12.2017)

D: Caffery ML Dobosh PA, Richardson DM, Laboratory Excercises using Hyperchem, Hypercube 1998.

D: Spartan 04 Windows, Tutorial and User Guide, Wavefunction 2001.

Studijní opory -
Poslední úprava: Fialová Jana (18.12.2017)

http://www.vscht.cz/lam/new/chemodelovani.htm

http://www.vscht.cz/lam/new/chemsk_t_v10_CZa.pdf

http://www.vscht.cz/lam/new/nmr.pdf

Sylabus -
Poslední úprava: Kubová Petra Ing. (24.02.2018)

1. Editory chemických struktur (CS/ChemDraw, ACD/ChemSketch, MDL/IsisDraw, BioRad/DrawItAll). Přenesení dvourozměrné representace molekuly do textového editoru (MS Word), případně do grafického editoru (Corel Draw, Adobe Illustrator).

2. Použití editoru chemických struktur k výpočtu identifikátorů SMILES, INCHI a k vyhledávání dat pro zadanou strukturu na Internetu

3. Použití editorů chemických struktur CS/ChemDraw, ACD/ChemSketch k předpovědi (výpočtu) názvů sloučenin, složení a pozorovatelných (fyzikálně chemických) vlastností (rozpustnost, index lomu, dielektrická konstanta, teplota varu a tání, tautomerní formy, logP)

4. Předpověď spektrálních charakteristik pomocí editorů chemických struktur CS/ChemDraw, ACD/ChemSketch (hmotová spektra a NMR spektra)

5. Získání trojrozměrných representací sloučenin pomocí ACD/ChemSketch a převod strukturních vzorců z CS/ChemDraw do CS/Chem3D, správné vyjádření chirality v dvojrozměrném zápisu a její trojrozměrná representace

6. Optimalizace trojrozměrných struktur pomocí programu CHARMM v ACD/ChemSketch a pomocí programu MM2 (3), odečítání mezimolekulových vzdáleností a torzních úhlů, XYZ koordináty a zápis trojrozměrné struktury v souboru MDL/MOL a Z matice. Přenesení trojrozměrné representace molekuly do textového editoru (MS Word), případně do grafického editoru (Corel Draw, Adobe Illustrator).

7. Optimalizace trojrozměrných struktur pomocí programu GAUSSIAN 03 W z prostředí CS/Chem3D a srovnání s výsledky výpočtu MM. Volba parametrů výpočtu (metody, báze atp.). Vysvětlení lokálního minima a jeho demonstrace. Molekulová dynamika.

8. Výpočet rozložení náboje/elektronů ve sloučenině a jeho zobrazení pomocí molekulárních povrchů s různým zabarvením. Výpočet van der Waalsových sterických nároků a jeho zobrazení v prostředí CS/Chem3D.

9. Výpočet infračerveného spektra pomocí programu GAUSSIAN 03 W z prostředí CS/ChemDraw. Volba parametrů výpočtu (metody, báze atp.)

10. Výpočet slučovacího a spalného tepla (energie) a konstrukce grafu konformační analýzy.

11. Srovnání pevnosti a konformační rigidity esterové a amidové (peptidové vazby).

12. Volný seminář, samostatná práce s programy CS/ChemDraw-CS/Chem3D.

13. Samostatný projekt k zápočtu.

14. Samostatný projekt k zápočtu.

Studijní prerekvizity -
Poslední úprava: Fialová Jana (18.12.2017)

Žádné.

 
VŠCHT Praha