PředmětyPředměty(verze: 836)
Předmět, akademický rok 2018/2019
  
Seminář chemického modelování - N342026
Anglický název: Chemical Modelling: Seminar
Zajišťuje: Ústav chemie přírodních látek (342)
Platnost: od 2013
Semestr: zimní
Body: zimní s.:3
E-Kredity: zimní s.:3
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:0/3 KZ [hodiny/týden]
Počet míst: neurčen / 24 (neurčen)
Minimální obsazenost: neomezen
Jazyk výuky: čeština
Způsob výuky: prezenční
Úroveň:  
Pro druh:  
Poznámka: předmět je možno zapsat mimo plán
povolen pro zápis po webu
Garant: Drašar Pavel prof. RNDr. DSc.
Anotace -
Poslední úprava: TAJ342 (01.10.2013)

Seminář seznamuje studenty se základy molekulového modelování a s tím spojenými předpověďmi základních pozorovatelných veličin, které se strukturou molekul souvisí.
Výstupy studia předmětu -
Poslední úprava: TAJ342 (01.10.2013)

Studenti budou umět použít chemický software ke znázornění molekul ve dvou a trojrozměrném podání a předpovědět základní pozorovatelné veličiny na základě správně nakreslené struktury.

Literatura -
Poslední úprava: TAJ342 (01.10.2013)

D: Caffery ML Dobosh PA, Richardson DM, Laboratory Excercises using Hyperchem, Hypercube 1998.

D: Spartan 04 Windows, Tutorial and User Guide, Wavefunction 2001.

Studijní opory -
Poslední úprava: TAJ342 (01.10.2013)

http://www.vscht.cz/lam/new/chemodelovani.htm

http://www.vscht.cz/lam/new/chemsk_t_v10_CZa.pdf

http://www.vscht.cz/lam/new/nmr.pdf

Sylabus - angličtina
Poslední úprava: TAJ342 (01.10.2013)

1. Chemical structure editors (CS/ChemDraw, ACD/ChemSketch, MDL/IsisDraw, BioRad/DrawItAll). Transfer of 2D representation of a molecule into a text editor (MS Word) or into a graphical editor (Corel Draw, Adobe Illustrator)

2. Application of chemical structure editor for the calculation of SMILES and INCHI identificators and for data retrieval for a given structure on the Internet

3. Application of chemical structure editors (CS/ChemDraw, ACD/ChemSketch) for the prediction (calculation) of a compound name and composition and observable (physico-chemical) properties (solubility, refraction index, dielectric constant, boiling and melting point, tautomeric forms, log P)

4. Prediction of spectral data using chemical structure editors CS/ChemDraw, ACD/ChemSketch (MS spectra and NMR spectra)

5. 3D Representation of compounds using ACD/ChemSketch and conversion of structural formulae from CS/ChemDraw into CS/Chem3D, correct expression of chirality in 2D notation as well as in 3D representation

6. Optimization of 3D structures using CHARMM in ACD/ChemSketch and using MM2, extraction of intermolecule distances and torsion angles, XYZ coordinates and 3D notation of a structure in MDL/MOL file and Z-matrix. Transfer of 3D representation of a molecule into a text editor (MS Word) or into a graphical editor (Corel Draw, Adobe Illustrator)

7. Optimization of 3D structures using Gaussian 09W program from CS/Chem3D environment, comparison with MM results. Parameter selection (methods, basis sets, etc.), local minima explanation and its demonstration

8. Calculation of charge/electron distribution in a compound and its rendering by differently colored molecular surfaces. Calculation of van der Waals radii and its rendering in CS/Chem3D

9. Calculation of IR spectra using Gaussian 09W program from CS/Chem3D environment. Parameter selection (methods, basis sets, etc.)

10. Calculation of heat of formation and heat of combustion (energy) and construction of conformational analysis chart

11. Comparison of strength and conformational rigidity of ester and amide (peptide bond) bonds

12. Seminar, individual work with CS/ChemDraw-CS/Chem3D programs

13. Assignments of individual projects

14. Individual project

Studijní prerekvizity -
Poslední úprava: TAJ342 (01.10.2013)

Žádné.

Zátěž studenta
Činnost Kredity Hodiny
Práce na individuálním projektu 1 28
Účast na seminářích 2 56
3 / 3 84 / 84
Hodnocení studenta
Forma Váha
Aktivní účast na výuce 20
Protokoly z individuálních projektů 80

 
VŠCHT Praha